ووصف حاله في فتنة الأفاغنة في مقدمة كتابه أصل الأصول قائلا ( . . . هذا مع تشتت الحال وتوزع البال إذ قد وقع هذا السؤال حين جرد الزمان على أهاليه سيف العدوان ، وذلك بغلبة عساكر الأفغان على بلدة أصفهان ، وإهلاك من كان فيها من معظم المتوطين والسكان ، وإبادة ما كان فيها وفي حواليها من البلدان ، وإفناء أكثر المؤمنين ، ولا سيما العشائر والأقارب والإخوان ، وفراري منها إلى بلدة قم بلدة أمن وأمان - حماها الله تعالى من طوارق الحدثان وآفات الأفغان ، واغترابي فيها ، وبعدي عن الأهل والأوطان . . . ) وتوفي بعد سنة 1180 . وله مؤلفات منها : كتاب أصل الأصول الطبعة الأولى ضمن المجلد الثالث من كتاب ( منتخباتي از آثار حكماء الهى إيران ) سنة 1976 م ، والطبعة الثانية في كتاب مستقل يقع في 178 صفحة ( العروة الوثقى في امامة أئمة الهدى ) في مجلد كبير في الكلام منها ، حاشية على الحاشية الجليلة الجلالية وعلى الحاشية الشريفة وعلى شرح المطالع ، الجبر والتفويض ، كتاب القضاء والقدر ، رسالة في قاعدة الواحد ، تعليقات على شرح جديد التجريد ، كتاب شرح الإشارات ، شرح أصول الكافي ، رسالة في تشكيك الوجود . قال عنه السيد جلال الآشتياني في مقدمة أصل الأصول أنه من مشاهير المدرسين في الحوزة العلمية بأصفهان في القرن الثاني عشر من الهجرة النبوية الشريفة . . . وذكر في أعيان الشيعة وفي الذريعة وطبقات أعلام الشيعة . 5 - ومنهم الشيخ محمد جعفر بن الشيخ محمد تقي . تخرج على والده وعلى السيد نصر الله الحائري الشهيد في القسطنطينية سنة 1158 ويروي عنه ، ثم استقر في قزوين ورأس فيها . 6 - ومنهم الشيخ محمد تقي بن الشيخ محمد نعيم الشهير بملا نعيما ابن الشيخ محمد تقي . تخرج على والده ملا نعيما ، وانتهى إليه تدريس الفلسفة في قزوين . 7 - ومنهم الشيخ يوسف الحكمي ابن المولى الشيخ محمد تقي بن المولى ملا نعيما . تخرج على والده والشيخ محمد البيدآبادي المتوفى سنة 1197 ، والشيخ علي النوري المتوفى سنة 1246 وغيرهم ، ثم رجع إلى موطنه قزوين وقام بتدريس الفلسفة بالمدرسة الصالحية في قزوين . ترك مؤلفات وتحقيقات منها : حواشي على الأسفار ، رسالة في حدوث العالم ، رسالة في القضاء والقدر ، حواشي على العرشية ، حواشي على المشاعر وغيرها ، توفي حدود سنة 1276 عن عمر طويل . 8 - ومنهم الشيخ الحكمي القزويني ابن الشيخ جعفر بن المولى الشيخ محمد تقي . تخرج في الحكمة والفلسفة على الشيخ علي النوري والشيخ إسماعيل الأصفهاني وأخذ العرفان من السيد رضي وغيرهم ، ثم رجع إلى موطنه قزوين وقام بتدريس الفلسفة ، بالمدرسة الصالحية لأكثر من نصف قرن . وهو الذي ناقش الشيخ أحمد الأحسائي في المسائل العقلية في المجلس الذي حضره جمع من علماء الفريقين وهو المجلس الذي انتهى بتكفير الشيخ أحمد الأحسائي . وذكره السيد جلال الدين الآشتياني قائلا أنه كان من المتبحرين في أفكار مدرسة ملا صدرا الشيرازي ، وأن الأستاذين الآقا علي والآقا محمد رضا كانا يرجحانه على الحاج ملا هادي السبزواري . وسكن قزوين وكف بصره في أواخر عمره . توفي سنة 1285 عن عمر يقارب المئة العام ، وترك حواشي مهمة على الاسفار وله رسالة في العرفان وحواشي على العرشية وغيرها . وكان ولده الشيخ أحمد آل الحكمي من خواص الشيخ ميرزا حسين الخليلي في النجف . ثم استقر في قزوين ، وكان من أئمة الجماعة في مسجد الشاه ، وشارك في الانقلاب الدستوري في إيران . 9 - ومنهم الشيخ علي أصغر بن الشيخ محمد يوسف القزويني وهو ابن أخ الشيخ محمد كاظم الطالقاني . تخرج على الشيخ خليلا القزويني وأخيه الشيخ محمد باقر القزويني وآقا رضى القزويني ثم تصدى للتدريس ، له مؤلفات منها شرح ( عدة الأصول ) لأستاذه ملا خليلا . وحواشي على نهج البلاغة وكتاب سفينة النجاة في الأدعية ، ورموزا التفاسير ، وتنقيح المرام . ذكره الحر العاملي في كتابه أمل الآمل توفي سنة 1117 . خلف ولدين هما : الشيخ محمد مهدي صاحب المؤلفات منها شرح مغنى اللبيب وغنية الطالب ، وعين الحياة في الأدعية وغيرها . والثاني الشيخ محمد مؤمن ، له مؤلفات منها شرح الزبدة للشيخ البهائي . 10 - ومنهم الشيخ محمد بن الشيخ محمد تقي . أخذ الفقه والأصول من والده الشيخ محمد تقي وعمه الشيخ محمد صالح وشريف العلماء والشيخ محمد حسن صاحب الجواهر وغيرهم . وتخرج في الفلسفة على ملا آغا وملا يوسف الحكميين القزوينيين . وهو صهر عمه الشيخ محمد صالح البرغاني المترجم على ابنته ( قرة العين ) . ورزق منها ثلاثة أولاد ذكور هم الشيخ إسماعيل والشيخ إبراهيم والشيخ إسحاق . 11 - ومنهم الشيخ إسماعيل بن الشيخ آقا محمد بن الشيخ محمد تقي آل قرة العين كان عالما أديبا شاعرا متكلما . تخرج على والده ووالدته قرة العين ، وجده لأبيه ، وجده لأمه الشيخ محمد صالح البرغاني ، والشيخ محمد حسن صاحب الجواهر والشيخ مرتضى الأنصاري ، والسيد حسين الكوه كمرإي . وأخذ الحكمة والفلسفة من ملا آغا وملا يوسف الحكميين القزوينيين ، والميرزا عبد الوهاب البرغاني . استقر في قزوين وسكن زمانا في طهران . من مؤلفاته نوادر الحكمة ، وأصول الفقه ، وديوان شعر ، توفي سنة