ثم ارتحل هو والسيد محمد المذكور إلى النجف الأشرف ، وقصد المحقق أحمد الأردبيلي زعيم الطائفة الإمامية في عصره ، وقرأ عليه في الفقه وأُصوله المباحث والمسائل التي تتعلق بالاجتهاد ، والتي لأُستاذه فيها نظر ومكث في النجف نحو سنتين أو أكثر بقليل ، وعاد إلى بلاده بعد أن برع في العلوم ، وتمكَّن من الفقه وامتلك ناصية الاجتهاد وتصدى للتدريس والإِفادة والإِفتاء والتصنيف ، وحقق الفقه والأُصول والحديث والرجال ، واشتهر وصار من أعيان علماء عصره وقد امتاز بقوة تحقيقه ، ودقة نظره ، وبمنهجه المعروف في استنباط الاحكام القائم على رؤيته في عدم حجّية غير الحديث الصحيح والحسن وكان أديباً ، شاعراً تلمّذ عليه وروى عنه كثيرون ، منهم : الحسن بن عبد النبي بن علي النباطي ، والسيد بدر الدين بن محمد بن محمد بن ناصر الدين الكركي ، والحسن بن علي الحانيني ، وزين العابدين بن محمد بن أحمد بن سليمان النباطي ، وعبد السلام بن محمد الحر المشغري ، وعبد اللطيف بن علي بن أبي جامع العاملي ، والسيد نور الدين علي بن علي بن الحسين بن أبي الحسن الموسوي وهو أخوه لأُمّه ، وأحمد بن علي بن سيف الدين الكفرحوني ، والسيد إسماعيل بن علي الكفرحوني وأجاز للسيد نجم الدين بن محمد الحسيني العاملي ولولديه محمد وعلي إجازة مبسوطة وصفت بأنّها تشتمل على تحقيقات لا توجد في غيرها وصنّف كتاب معالم الدين وملاذ المجتهدين ، ظهر منه جزءان أحدهما معالم الأُصول ( مطبوع ) والثاني معالم الفقه ( مطبوع ) ، وقد اشتهر كتابه معالم الأُصول وعُلَّقت عليه حواش وشروح كثيرة ، وصار المعوّل عليه في التدريس لزمن طويل