وبعد ست سنوات تولى الظاهر بيبرس أمر البناء ، ورجع المسجد كما كان قبل الحريق . وفي سنة 886 ه‍ انقضت صاعقة على المسجد فهدمته ولم تبق منه سوى الحجرة النبوية ، وقبة بصحن المسجد . فأعاد بناءه الملك الأشرف على صورة أحسن مما كان عليه قبل الحريق . وفي القرن العاشر الهجري رممه السلطان سليم العثماني ، وشيد فيه محرابا لا يزال قائما إلى اليوم ، ويقع غربي المنبر النبوي . وفي القرن الثالث الهجري بنى فيه السلطان محمود العثماني القبة الخضراء . وفي أواخر هذا القرن احتاج المسجد إلى العمارة ، فأمر السلطان العثماني بذلك ، وكان المهندسون يهدمون جزءا من المسجد ، ويقيمون ما يحل محله ، ثم يهدمون بعده جزءا آخر ، ويقيمون مكانه ، حتى تمت عمارته سنة 1277 ه‍ . وصلَّى اللهم على محمد وأهله الطاهرين ، وعرّف بيننا وبينهم ، وارزقنا شفاعتهم يوم نلقاك ، يا مبدل السيئات بأضعافها من الحسنات . إنك ذو الفضل العظيم .