وبعد الأحداث الدامية اعتقل في شهر رمضان عام 1412 مع نجله وثلاثة من حفدته في حملات الاعتقال الواسعة التي طالت جميع قطاعات الشعب المظلوم بشكل مفجع ، وذلك بعد أن اقتحم النجف الأشرف جنود الكفر ، حيث استباحوا المحرمات ، وانتهكوا المقدّسات ، وارتكبوا أبشع أنواع الجرائم ، ابتداء بهدم الأماكن المقدسة وحرق بعض المكتبات العامة المحتوية على مجاميع هائلة من المخطوطات العلمية التي تشكل تراثا إسلاميا نفيسا . . . ، وانتهاء بالاعتقال والتشريد والقتل والإبادات الجماعية . . . وفي خلال هذه الفترة الوجيزة التي لا تتجاوز الشهر الواحد تعرّضت الجامعة العلمية الكبرى في النجف الأشرف إلى أقسى فترة شهدها تاريخ العلم على امتداده ، حيث لم يترك جنود حزب البعث الإلحادي عملا وحشيا إلَّا وارتكبوه في تلك المدينة المقدسة ، حتى إنّهم علقوا جثة أحد العلماء على أبواب النجف الأشرف لمدّة ثلاثة أيام . . . ومنذ ذلك الوقت ( أي عام 1412 ه ) . ولم يزل السيد الخلخالي مغيّبا في ظلمات سجون النظام البعثي ، مع عدد كبير من العلماء والمجتهدين ممن يشكلون نخبة رجال الحوزة العلمية الكبرى في النجف الأشرف . نسأل اللَّه تبارك وتعالى أن يفرّج عنه وعن جميع العلماء والمؤمنين ، وان يردّ كيد أعداء المسلمين إلى نحورهم ، ويجعل راية الإسلام عالية بالنصر المؤزّر .