شهيد ) احياى مجدد اجتهاد بود . شايد دردناكتر از هر حادثه وماجرايى كه متوجه محقق قمى در طول زندگى أو شده واماندگى أو در مورد " جنگ قفقازيه " بوده است . همانطور كه در صفحات بعدى بحث خواهد شد أو از طرفي نمىتواند حكومت فتحعلى شاه را يك حكومت اسلامى ومكتبى بنامد واز طرف ديگر سعى مىكند كه شاه إيران را در مقابل تزار روس تضعيف نكند واين را يك وظيفة شرعي جدى مىداند . اينجاست كه مىتوان گفت تقوى وروح احتياط كارىاش خود أو را نيز سخت در تنگنا قرار مىدهد . جهاد با نيروهاى متجاوز روس را واجب مىداند اما أطاعت از فتحعلى شاه را واجب نمىداند . شايد اگر مرحوم محقق ثاني ( شيخ بزرگوار على كركى ) با فتحعلى شاه معاصر بود همانطور كه حكومت شاه طهماسب را تنفيذ نمود همانطور هم با فتحعلى شاه رفتار مىكرد . ليكن ميرزا اين تهور را نداشت به نظر ميرزا ، شاه قاجار يك طاغوت به تمام معنى بود طاغوتى كه نبايد تضعيفش كرد . موضعگيرىهاى مكتبى ميرزا در اين مورد در لا به لاي همين جامع الشتات مشخص است . اساتيد ميرزا اساتيد محقق قمى در حديث وعلوم عبارتند از : پدر بزرگوارش ، سيد حسين خوانسارى ، آقا محمد باقر بهبهانى ، شيخ محمد مهدى فتونى عاملي وآقا محمد باقر هزار جريبى . شاگردان ميرزا شخصيت‌هاى زيادى در مكتب ميرزا پرورش يافته‌اند كه معروفترين شان عبارتند از : شيخ أسد الله شوشترى صاحب " مقابيس " ، سيد محسن اعرجى صاحب " المحصول " ، كرباسى صاحب " الإشارات " ، سيد عبد الله شبر صاحب " تفسير شبر " ، محمد مهدى خوانسارى صاحب " رساله أبى بصير " ، سيد على شارح منظومه بحر العلوم وسيد جواد عاملي صاحب " مفتاح الكرامة " .