التنبيه في الإمامة ، كتاب الرد على اليهود ، كتاب في الصفات ، كتاب الرد على أبي العتاهية في التوحيد ، في شعره ، كتاب الخصوص والعموم والأسماء والاحكام ، كتاب الانسان والرد على ابن الراوندي ، كتاب الأنوار في تاريخ الأئمة عليهم السلام ، كتاب الرد على الواقفة ، كتاب الرد على الغلاة ، كتاب التوحيد ، كتاب الارجاء ، كتاب النفي والاثبات ، كتاب مجالسه مع أبي علي الجبائي بالأهواز ، كتاب في استحالة رؤية القديم تعالى ، كتاب الرد على المجبرة في المخلوق والاستطاعة ، كتاب مجالسه مع ثابت ( مجالس ثابت ) بن أبي قرة بن أبي سهل ، كتاب نقض مسألة عيسى بن أبان في الاجتهاد ، كتاب نقض مسألة أبي عيسى الوراق في قدم الأجسام مع إثباته الاعراض ، وزاد محمد بن إسحاق بن النديم ، على هذه الكتب في فهرسته ، كتاب الرد على الطاطري في الإمامة ، كتاب نقض مسألة الشافعي ، كتاب الخواطر ، كتاب المعرفة ، كتاب تثبيت الرسالة ، كتاب حدوث العالم ، كتاب الرد على أصحاب الصفات ، كتاب الحكاية والمحكي ، كتاب نقض نعت الحكمة لابن الراوندي كتاب نقص التاج على ابن الراوندي ، ويعرف بكتاب الشبك ، كتاب نقض اجتهاد الرأي على ابن الراوندي ، كتاب الصفات " . أقول : النسخة الموجودة عندنا من النجاشي سقطت منها كلمة ( والدين ) ، بعد قوله : ( له جلالة في الدنيا ) : وهي موجودة فيما نقله التفريشي ، والميرزا ، في النهج والوسيط ، وكذلك هي موجودة في الخلاصة : في القسم الأول ، الباب 2 ، من فصل الهمزة ( 10 ) ، وفي المجمع للمولى ، الشيخ عناية الله القهبائي ، وفي ذلك دلالة على وثاقة الرجل ولا أقل من حسنه . روى الشيخ - قدس سره - في كتاب الغيبة : بإسناده عن جماعة من بني نوبخت ، عند بيان أحوال الثاني من السفراء الممدوحين حال الغيبة ، ص 226 ، ( أبي جعفر محمد بن عثمان العمري رضي الله عنه ) : أنه من وجوه الشيعة