للأبالس المسترقة ، كتاب خلاص المبتدئين من حيرة المجادلين ، كتاب نور اليقين وبصيرة العارفين ، كتاب الفسخ على من أجاز النسخ لما تم نفعه وجمل شرعه ، كتاب إزالة الران عن قلوب الاخوان ، كتاب ايضاح خطأ من شنع على الشيعة في أمر القرآن ، كتاب الظلامة لفاطمة عليها السلام ، كتاب رسالة البشارة والنذارة والاستنفار إلى الجهاد ، كتاب علم النجابة في علم الكتابة ، كتاب التراقي إلى أعلى المراقي ، كتاب وعظ المشترط ، كتاب نثر طوبى ، كتاب المسح على الخفين ، مناسك الحج ، كتاب مفرد في النكاح ، كتاب مناسك الحج ، كتاب اللطيف ، كتاب اشكال جملة المواريث ، كتاب فرض المسح على الرجلين ، كتاب زكاة العروض ، كتاب الحاسم للشيعة في نكاح المتعة ، كتاب الانتصاف من ذوي الانحراف عن مذهب الاشراف في مواريث الاخلاف ، كتاب نقض ما نقضه الزجاجي النيشابوري على أبي محمد الفضل بن شاذان ، رحمه الله ، مسألة في وجوب الغسل على المرأة إذا أنزلت ماءها في يقظة أو نوم ، وله مسائل كثيرة . وسمعت شيوخنا الثقات يقولون عنه : إنه كان يقول بالقياس ، وأخبرونا جميعا بالإجازة لهم بجميع كتبه ومصنفاته " . وقال الشيخ ( 602 ) : " محمد بن أحمد بن الجنيد : يكنى أبا علي ، وكان جيد التصنيف حسنه ، إلا أنه كان يرى القول بالقياس ، فتركت لذلك كتبه ، ولم يعول عليها ، وله كتب كثيرة ، منها : كتاب تهذيب الشيعة لاحكام الشريعة ، كبير ، نحوا من عشرين مجلدا ، يشتمل على عدد كتب الفقه على طريقة الفقهاء ، وكتاب المختصر الأحمدي للفقه المحمدي ، في الفقه مجردا ، وكتاب سبيل الفلاح لأهل النجاح ، وكتاب نور اليقين وبصيرة العارفين ، وكتاب تبصرة العارف ونقد الزايف ، وكتاب الاسفار وهو الرد على المؤبدة ، وكتاب حدائق القدس في الاحكام التي اختارها لنفسه ، وكتاب تنبيه الساهي بالعلم الإلهي ، وكتاب استخراج المراد من مختلف الخطاب ، وكتاب الشهب المحرقة للأباليس المسترقة يرد فيه على أبي