3 - الشيخ الطوسي في النجف الأشرف تعدّ هذه المرحلة الأخيرة في حياة الشيخ الطوسي - رحمه الله - حيث امتدت فترة اثني عشر عاماً ( 460 - 448 ه ) وكانت النجف حين هاجر إليها الشيخ قرية صغيرة نائية على مشارف البادية وليس ما يُغري أحداً بالبقاء فيها إلَّا مثوى الإمام أمير المؤمنين عليّ بن أبي طالب - عليه أفضل الصلاة والسلام - فاختار الشيخ داراً بالقرب من المقام الشريف ، فاجتمع حوله جماعة صغيرة من الطلاب بعضهم من الهاربين وممن نجوا بأرواحهم من أحداث بغداد ، وآخرون جذبتهم شهرة الشيخ وصيته ، وهكذا وضع الشيخ اللَّبِنات الأولى للمدرسة التي بقيت تشع لمدة عشرة قرون ولا زالت إلى أن يشاء الله . وقد واجه الشيخ الطوسي في النجف ظرفاً غير الَّذي كان قد ألفه ببغداد ، وينبغي لنا أن نتعرض للحياة والظروف التي واجهها الشيخ في النجف حيث كان له الأثر البالغ في منحى حياته وأسلوب دراسته وخصائص مدرسته ومستقبلها .