توطن در شوشتر « حضرت سيد نعمت اللّه بنا را در اختيار وطن بر استخاره از قرآن مجيد گذاشت ، تفأل به توطن شوشتر انسب آمد لهذا در اواخر سال 1079 رهسپار شوشتر گرديد ، فتحعليخان و اسلمس بيك برادرش ، كه نائب الاياله خوزستان بود ، و ميرزا عبد اللّه مرعشى و ساير اعيان و اشراف ورود وى را به حسن قبول تلقى كرده به استقبال شتافتند و منزلى در نزديكى مسجد جامع براى آن حضرت تهيه نمودند . حاج محمد تقى كلانتر كه مردى نيك فطرت و علم دوست بود ، و در نزديكى خانه آن حضرت مشغول بناى كاروانسرائى بود ، آن را به سيد تقديم نمود ، سيد نعمت اللّه تغييراتى در آن داده و تبديل به مدرسه كرد ، كه به نام مدرسه علميه و مدرسه جزائريه معروف است ( 1 ) .

--> ( 1 ) اين مدرسه از آغاز تاسيس تاكنون دائر ، و يكى از مراكز علمى زمان گذشته و حاضر شوشتر ، بلكه خوزستان محسوب مىشود ، و دانشمندان بزرگى از آنجا برخاسته‌اند كه همه ، شاگردان بلاواسطه و با واسطه مؤسس بزرگوار آن بوده‌اند ، اكنون هم جمعى از طلاب علوم دينى در آن سر گرم تحصيل هستند و اخيراً به همت مردمان نيكوكار ، تغييرات اساسى و تعميرات كلى در ساختمان آن شده و اطاق‌هاى متعدد و مدرس و كتابخانه و حمام و لوازم ديگر ، طبق معمارى جديد و اصول بهداشتى در آن احداث شده است .