5 - الجبر و الاختيار . 6 - الجزء الذى لا يتجزى . 7 - حاشيه الهيات شفا . 8 - 12 حاشيه شرح اشارات خواجه ، و شرح تجريد قوشچى ، و شرح لمعه ، و محاكمات قطب الدين رازى ، و معالم . 13 - رساله در شبهه استلزام . 14 - شرح الاشارات و التنبيهات . ( اين دو در ريحانة الادب مذكور نيستند ) . 15 - شرح كافيه ابن حاجب . 16 - شرح هيئت فارسى قوشچى . 17 - مشارق الشموس . شرح دروس شهيد در فقه ، چاپ شده . طبع شعر نيز داشته و اين رباعى از اوست : اى باد صبا طرب فزا مى آيى * از طرف كدامين كف پا ميائى از كوى كه بر خواسته‌اى راست بگو * اى گرد به چشم آشنا ميائى وفات محقق خوانسارى در سال 1098 يا 1099 هجرى در اصفهان واقع ، و در تخت فولاد مدفون است . شاه سليمان صفوى قبه‌اى عالى ، بر مرقد او كه نزديك مقبره بابا ركن الدين است بنا كرده ، كه زيارتگاه مردم آن سامان است و چون آقا جمال الدين و آقا رضى الدين فرزندان او هر دو از دانشمندان به نام هستند نيز در آنجا مدفونند ، به تكيه خوانساريها معروف است . تنبيه : صاحب قصص العلماء ، آقا جمال فرزند محقق خوانسارى را كه همدوره جدّ اعلى بوده ، جزء استادان او شمرده كه اشتباه است .