وسمها البعض برسالة : إبطال الجبر ، الَّتي ألَّفها للسّلطان خدابنده ، لمّا سأله بيان الأدلَّة الدّالَّة على أنّ العبد مختار في أفعاله وأنّه غير مجبور عليها ، وقد ألَّف بعض علماء الهند - من غير الشّيعة - قديما كتابا في ردّه ، فكتب القاضي الشّهيد التّستريّ ردّا عليه سمّاه ( النّور الأنور في تنوير خفايا رسالة ، القضاء والقدر ) زيّف فيه اعتراضات الهنديّ على العلَّامة ، وقد طبعه الشّيخ عليّ الخاقاني بالنّجف الأشرف عام 1354 ق . 11 - الأسرار الخفيّة في العلوم العقليّة - من الحكمة والكلام والمنطق ، ثلاثة أجزاء ، موجود في المكتبة الحيدريّة بالنّجف الأشرف ، يردّ به على الفلاسفة ، ألَّفه باسم هارون بن شمس الدّين الجوينيّ ، توجد نسخة أيضا في مكتبة الإمام الحكيم العامّة بالنّجف الأشرف ويظهر أنّها بخطَّ العلَّامة ، تقع في 460 صفحة . 12 - الإشارات إلى معاني الإشارات . مجلَّد ، وهو من شروح العلَّامة على كتاب الإشارات لابن سينا . 13 - الألفين في إمامة أمير المؤمنين - عليه السّلام - كتبه بطلب من ولده فخر المحقّقين ولم يتمّه بسبب موافاة الأجل ، وأتمّه ولده من بعده . قال العلَّامة في مقدّمته : أمّا بعد فإنّ أضعف عباد الله تعالى ، الحسن بن يوسف بن المطهّر الحلَّي يقول : أجبت سؤال ولدي العزيز عليّ : محمّد ، أصلح الله أمر داريه ، كما هو برّ بوالديه ، ورزقه أسباب السّعادات الدّنيويّة والأخرويّة ، كما أطاعني في استعمال قواه العقليّة والحسّيّة ، وأسعفه ببلوغ آماله ، كما أرضاني بأقواله وأفعاله ، وجمع له بين الرّئاستين ، كما لم يعصني طرفة عين من إملاء هذا الكتاب الموسوم بكتاب الألفين ، الفارق بين الصّدق والمين . أورد فيه ألفا وثمانية وثلاثين دليلا على وجوب عصمة الإمام أمير المؤمنين - عليه السّلام .