إليها الطلاب للإفادة منها ، واشتهرت ببغداد مكتبتان عظيمتان ، الأولى مكتبة سابور ابن أردشير الوزير البويهي التي تأسست عام 381 ه‍ ، أو عام 383 ه‍ ، وكانت ملتقى رجال الفكر والأدب ، ومنتدى العلماء والباحثين والمناظرين ، يشدون إليها الرجال ، والثانية مكتبة الشريف المرتضى ، وقد كان بها ثمانون ألف مجلد . وقد تتلمذ الشيخ الطوسي في بغداد على الشيخ المفيد ، الذي كان يومذاك شيخ متكلمي الإمامية وفقهائها ، انتهت رياستهم إليه في وقته في العلم ، مدة خمس سنوات ، وكان مما درسه الأصول والكلام ، وشرع في تأليف كتاب ( تهذيب الأحكام ) شرح فيه كتاب ( المقنعة ) لأستاذه الشيخ المفيد ، وتتلمذ الشيخ الطوسي خلال تلك الفترة على الحسين بن عبيد الله الغضائري ، المتوفى عام 411 ه‍ ، ومحمد بن أحمد بن أبي الفوارس المتوفى بعد سنة 411 ه‍ ، وغير هؤلاء من شيوخ عصره . وبعد وفاة الشيخ المفيد عام 413 ه‍ ، انتقلت زعامة الامامية إلى الشريف المرتضى ( 413 - 436 ه‍ ) الذي كان من أبرز تلامذة الشيخ المفيد ، وقد تلمذ الشيح الطوسي للسيد المرتضى ، وألف كتاب ( تلخيص الشافي ) خلال تلمذته له ، وهو كتاب حاول به تبسيط المسائل التي وردت في كتاب ( الشافي ) لأستاذه الشريف المرتضى ، وألف الشيخ الطوسي في حياة أستاذه الشريف المرتضى كتاب ( الرجال ) و ( الفهرست ) ، وقد دامت مدة تلمذة الشيخ الطوسي على الشريف المرتضى ثلاثة وعشرين عاما ، كما تلمذ خلال هذه الفترة على شيوخ آخرين ، منهم : هلال بن محمد بن جعفر الحفار ، المتوفى عام 414 ه‍ ، ومحمد بن محمد بن محمد بن مخلد ، المتوفى عام 419 ه‍ ، وأحمد بن عبدون المعروف بابن الحاشر المتوفى عام 423 ه‍ ، ومحمد بن أحمد بن شاذان المتوفى نحو سنة 425 ه‍ . وبعد وفاة السيد المرتضى عام 436 ه‍ ، تفرغ الشيخ الطوسي للتدريس والتعليم ، وانشغل بالأمور التي تخص الزعامة الدينية للامامية ، واستمرت زعامته في بغداد مدة اثنتي عشرة سنة ( 436 - 448 ه‍ ) وكان يتمتع بالمكانة التي كان يتمتع بها أستاذاه المفيد والمرتضى ، فأصبح الطوسي شيخ الطائفة وعمدتها والامام المعظم