النسخ المخطوطة المعتمدة في تحقيق الكتاب اعتمدنا بالإضافة إلى النسخة الحجرية على أربع نسخ جيدة هي : 1 - نسخة المكتبة الرضوية المرقمة ( 8921 ) وهي الأصل الذي اعتمدنا عليه ، ورمزنا لها ب‍ ( ق ) في كتاب الطهارة ، وعبرنا عنها في باقي الكتاب ب‍ ( الأصل ) ، كتبها محمد حسين بن سعد الدين الغفاري في يوم الأحد 10 ربيع الثاني سنة 1000 هجرية ، وهي نسخة مقروءة على المصنف ، وعليها خطه وإجازته لكاتبها ، وهي مضبوطة من الناحية الإملائية والنحوية . والنسخة من بداية الكتاب إلى أول كتاب الحج . 2 - نسخة المكتبة الرضوية - أيضا - المرقمة ( 2556 ) وهي تلي النسخة المتقدمة في الاعتبار وقد رمزنا لها ب‍ ( ض ) كتبت في يوم الثلاثاء 10 صفر الخير سنة 1006 هجرية ، وهي جيدة الخط وعليها خط العلامة المجلسي . والموجود منها من بحث صلاة الكسوف إلى نهاية الكتاب . 3 - نسخة مكتبة مجلس الشورى المرقمة ( 64525 ) وقد رمزنا لها ب‍ ( س ) كتبت في يوم الاثنين 14 رجب سنة 1008 هجرية وناسخها السيد حسين بن علي ابن رين الدين الحسيني العاملي . وهي تبدأ من أول الكتاب وتنتهي إلى آخر بحث صلاة العيد . 4 - نسخة مكتبة مجلس الشورى - أيضا - المرقمة ( 63276 ) ورمزنا لها ب‍ ( م ) كتبت في يوم الخميس 7 ربيع الثاني سنة 1241 هجرية ، قوبلت على نسخة أقدم منها وناسخها حسين بن علي الحسن الخوئي . ملاحظة الناظر في كتاب مدارك الأحكام يرى بوضوح أن لكتاب المدارك