« قيام الامارات مقام القطع الموضوعى » و « حكومة الامارات على الاصول » و « رفع قاعدة قبح العقاب بلابيان بجعل الحجية » به كار مىآيد . و نيز مىتوان اشاره كرد به نظريهء او در باب جعل حكم به شكل قضيهء حقيقيه با تمام آثارى كه براى اين نظريه در بحثهاى اصولى پيدا مىشود ؛ مانند بحث واجب مشروط و بحث شرط متأخر و بحث واجب معلّق و بحث « اخذ العلم بالحكم فى موضوع الحكم » . همچنين مىتوان اشاره كرد به وجه جديدى كه ميرزاى نائينى براى بحث معانى حرفى ارائه داد كه نسبت به صورت غريبى كه آراى صاحب كفايه در ذهن طلبه ايجاد مىكند ، اختلاف اساسى دارد . اين مطالب و غير اين‌ها محورهاى جديد تفكر اصولى و نتيجهء مباحث مطرح شده در دورهء اخير است كه براى طلّاب دورهء سطح كاملا ناشناخته است و حتّى تصورى ابتدايى يا متوسط از آنها ندارند . ازاين‌رو طلبه در گذر از مرحلهء سطح به مرحلهء خارج مجبور به جهشى است و بايد در يك لحظه راهى را كه علم اصول در فرايند تكامل تدريجى و در طى صد سال پيموده است ، يكباره بپيمايد . گويا قرار دادن كتب درسى براساس مراحل مختلف تفكر اصولى از اين روست كه ضرورت تدريجى بودن كتب از آسان به پيچيده احساس شده است . چرا كه علم اصول در زمان صاحب معالم نسبت به زمان صاحب قوانين و در آن زمان نسبت به زمان تأليف رسائل و كفايه ، به صورتى ساده‌تر مطرح بوده است و چنين به نظر رسيده كه اگر معالم به عنوان محصول تفكر اصولى در مرحلهء قديم و كتاب بعدى به عنوان محصول دورهء بعدى و به همين ترتيب بقيّهء كتابها قرار داده شود ، آن هدف مورد نظر - كه تدريجى بودن كتب درسى باشد - تحقق پيدا كرده است . ولى اين باور از جهتى درست و از جهتى نادرست است . اما درستى آن در اين است كه ضرورت تدريجى بودن كتب درسى از آسان به پيچيده احساس شده است ( يعنى اصل اين برنامه صحيح است . ) و اما نادرستى آن در اين است