استفاده از محضر شيخ مرتضى انصارى - ره - از اصفهان به نجف هجرت كرد ، ولى زمانى كه به كربلا رسيد ، شيخ از دنيا رفت . پس در نجف ماند و به تحصيل ادامه داد . وى افزون بر اصول و فقه ، در كلام ، فلسفه ، هندسه و هيئت توشهء علمى اندوخت و در اواخر عمر از شاگردان و خواص اصحاب مجدّد شيرازى « 1 » - قدّس سرّه - گشت . پس از آنكه مجدّد شيرازى به سامرا هجرت كرد ، او را نيز ، نزد خويش فراخواند و هنگامى كه سيّد اسماعيل به سامرا آمد ، استاد به علت كثرت اشتغالات و ضعف مزاج درس خود را به او واگذار كرد . از آن پس محور تدريس در حوزهء سامرا قرار گرفت ، در حالى كه حلقهء درس او از حلقهء درس استاد ميرزا محمّد تقى شيرازى و سيّد محمّد فشاركى طالبان بيشترى را در خود جاى داده بود . پس از رحلت استادش ، رياست و زعامت شيعه به او رسيد . از حكايات او آن است كه مدّتى را كه در محضر سيّد مجدّد شيرازى تحصيل مىكرد ، سيّد نمىدانست كه او فرزند سيّد صدر الدين ، يعنى فرزند استاد خودش ، است . و اين به علّت آن بود كه سيّد اسماعيل از زمانى كه از اصفهان به نجف آمد ، خود را به احدى معرفى نكرد ؛ باشد كه از اين رهگذر بهتر بتواند تحصيل كند . سالى كه سيّد اسماعيل به حج مشرف شد ، يكى از كسانى كه او را مىشناخت ، به سيّد مجدّد شيرازى خبر داد كه سيّد اسماعيل صدر فرزند سيّد صدر الدّين مراجعت كرده‌اند . سيّد مجدّد شيرازى به عنوان زيارت فرزند استادش به استقبال آمد ، كه ناگاه متوجّه شد وى همان شاگرد خاص اوست ! آنگاه از اخلاق و عظمت روحى او به تعجب آمد . از استادان سيّد اسماعيل مىتوان سيّد محمّد على ، معروف به آقا مجتهد ، كه برادر بزرگتر او بود ، و سيّد مجدّد شيرازى و فقيه متبحر شيخ راضى نجفى را نام برد . شاگردان او بيرون از شمارند ؛ از جمله ميرزا على آقا شيرازى ، فرزند سيّد مجدّد شيرازى ، و حجت الاسلام و المسلمين حاج سيد على سيستانى و ميرزا محمّد حسين

--> ( 1 ) . ميرزاى شيرازى ، صاحب فتواى تحريم تنباكو .