و به رتق و فتق امور و امامت جماعت در صحن حرم مطهر كاظمين عليهما السّلام و معالجه بيمارىاش پرداخت ، اما بيمارىاش بهبود نيافت تا سرانجام در غروب شب سه شنبه 29 رمضان 1336 ه . ق ، در 70 سالگى بدرود حيات گفت . « 1 » با پخش اين خبر در كاظمين ، مردم سراسيمه و نالان و گريان از خانه‌ها بيرون ريختند و در همان شب پيكر پاك او را با شكوه هرچه تمامتر كه در كاظمين سابقه نداشت تشييع كردند ، و پس از نماز ميت كه به امامت فرزندش مرحوم آيت اللّه سيد ابو القاسم كاشانى اقامه شد ، بدنش را نزديك سحر در مقبرهء اختصاصى كه مدتها پيش از وفاتش آن را در ايوان متصل به حرم مطهر بين صحن قريش و حرم آماده ساخته بود به خاك سپردند . پخش اين خبر در ايران و عراق موجب اندوه بسيار شد . عموم طبقات مردم در مجالس يادبود متعددى در نجف ، كربلا ، بغداد ، كراده ، تهران و كاشان شركت كردند . در كاظمين ، مجالس بزرگداشت وى از بام تا شام به مدت 10 شبانه روز ادامه يافت ، و شاعران عراق در رثاى او قصايد و اشعار فراوانى سرودند آيت اللّه سيد اسماعيل صدر در نامه‌اى چنين نوشت : « عرض مىشود انشاء اللّه تعالى وجود شريف قرين صحّت و سعادت و توفيقات است ، ضمنا از رزيّهء نازله و قضيّهء هائله يعنى وفات مرحوم آيت اللّه آقاى حاج سيد مصطفى كاشانى قدّس سرّه كه ثلمهء عظيمه در اسلام بود مستحضر گشته ، رضا بقضائه و تسليما لامره ، هرچند آن وجود مقدّس از دست رفت ، ولى بحمدللّه چشم ما و كافهء انام به وجود مبارك جناب حجة الاسلام مجتهد الزمان آقاى حاج ميرزا ابو القاسم دامت بركاته نجل عجلّ آن مرحوم روشن است . بايد قدر اين نعمت عظمى و موهبت كبرى را همه‌كس بداند . . . » « 2 »

--> ( 1 ) . تهرانى ، نقباء البشر ، ج 5 ، ص 57 ؛ خاقانى نجفى ، شعراء الغرى ، ج 11 ، ص 326 . هرچند حرز الدين نجفى در معارف الرجال ، ج 3 ، ص 16 ، مدرس خيابانى در ريحانة الادب ، ج 3 ، ص 240 و موسوى كاظمى در احسن الوديعة ، ج 1 ، ص 205 ، وفات وى را در شب 19 رمضان نوشته‌اند ، اما ما گفتار شيخ آقا بزرگ تهرانى را مقدم داشتيم . ( 2 ) . مجله نور علم ، ش 3 ( فروردين 1363 ) ، ص 28 .