امين الرعايا بر او خشم گرفت و در مجالس مردم ، زبان به گلايه و شكايت از وى باز كرد و او را به كمى ديانت نسبت داد تا كم‌كم از چشم مردم بيفتاد و احترام سابق را از دست داد . او هم از مردم كناره گرفت و در زمينى كه داشت ساكن شد و به تأليف شرح مذكور پرداخت ، تا آنكه پيك اجل به سراغش آمد و پيش از اتمام شرح درگذشت و الى اللّه ترجع الامور . « 1 » فرزندان از او فرزندانى دانشمند و شايسته به نام حجج اسلام آقايان : حاج ميرزا ابو القاسم امين الاسلام خويى ، و ميرزا ابو الحسن و نواده‌اش مرحوم حجت الاسلام سيد عبد الحميد هاشمى موسوى از افاضل تهران برجاى ماند كه ادامه‌دهندهء راه و روش وى بودند . « 2 » درگذشت پس از آنكه ميرزا حبيب اللّه خويى چند جلد از شرحش را به پايان رسانيد ، براى چاپ و تأليف بقيهء آن به تهران رفت و آن را بر مظفر الدين شاه قاجار عرضه داشت كه موردقبول و پسند شاه قاجار قرار گرفت و به چاپ آن فرمان داد . سه جلد كتاب در سال 1323 ه . ق به چاپ رسيد ، اما در ماه صفر الخير 1324 ه . ق ، مرگ به سراغش آمد و در شهر هجرت و غربت در سن 63 سالگى چشم از جهان فروبست و پيكر پاكش در صحن حرم حضرت عبد العظيم حسنى عليه السّلام در ايوان حجره اول سمت راست در ورودى - كه اكنون دفتر انتظامات است - مدفون شد و عالمى از علم و عمل را با خود به خاك برد . « 3 »

--> ( 1 ) . حسينى خطيب ، مصادر نهج البلاغه و اسانيده ، ج 1 ، 268 - 269 . ( 2 ) . حسينى خويى ، مقدمهء منهاج البراعة ، ج 1 ، 6 . ( 3 ) . شريف رازى ، اختران فروزان ، 161 .