مرجعيت پس از درگذشت آيت اللّه ميرزا محمّد حسن شيرازى در 1312 ه . ق ، گروه بسيارى از مؤمنان و خواص به تقليد از آيت اللّه همدانى روى آوردند . با اينكه وى از مرجعيت گريزان و از فتوا دادن اجتناب مىكرد ، اما با اين همه روزبه‌روز بر شمار مقلدان او افزوده مىشد تا بدانجا كه مجبور شد تا رساله عمليه‌اش را در اختيار عموم قرار دهد . به‌همين‌منظور ، وى بر نجاة العباد حاشيه نگاشت و آن را در اختيار مقلدانش قرار داد . اما حال وى پس از قبول مرجعيت با پيش از آن ، هيچ تغييرى نكرد ، خوراك و پوشاكش مانند همان زمان قبل ، و كراهت از رياست ، زعامت و مرجعيت ، در رفتارش نمايان بود ، اما اين هم زياد به طول نكشيد كه به فراموشى مبتلا شد و از فتوا دادن و گرفتن حقوق شرعيه امتناع و فقط به تدريس اكتفا كرد . پس از آن ، بيمار شد و به دنبال آن ، نداى حق را لبيك گفت . « 1 » علامه سيد محسن امين مىنويسد : پس از وفات ميرزاى شيرازى ، وى به مرجعيت رسيد ، و حقوق شرعيه به سوى او سرازير شد . و او همه آنها را به مصرف نيازمندان مىرسانيد و خود استفاده نمىكرد و هيچ تغييرى - حتى يك سر مو - در زندگىاش - در خوراك ، پوشاك و منزلش - پديدار نشد . او شب‌وروز به تنهايى حركت مىكرد و گوشت و ديگر لوازم زندگىاش را خود مىخريد و فروتنى از سراسر وجودش نمايان بود . « 2 » ويژگىهاى اخلاقى محقق همدانى را همگان به زهد ، ورع ، تقوا ، فروتنى و پرهيز از شهرت و رياست

--> ( 1 ) . تهرانى ، نقباء البشر ، ج 2 ، ص 777 . ( 2 ) . امين ، اعيان الشيعه ، ج 7 ، ص 21 .