مهاجرت به نجف معظم‌له در سال 1300 ق ، رهسپار عتبات عاليات شد ، و در نجف اشرف منزل گزيد . عبرت نائينى مىنويسد : در سال 1300 هجرى ، تصميم مهاجرت به عتبات عاليات براى تحصيل علوم و تكميل درجات فرمود ، در حالىكه مراتب علم و فضلش گوشزد انام و مورد اعتراف خاص و عام بود . چنان كه دوستان آن مرحوم متواترا براى اين بنده نقل كردند كه مرحوم حجت الاسلام حاج ملاعلى كنى - اعلى اللّه مقامه - مكرر مىفرمودند : « فلانى در هر علم كامل و به مرتبهء اجتهاد نائل است و مهاجرت به عتبات براى اين مقصود ، وى را لازم نيست . » و گواهى مىدهد بر گفتار آن بزرگوار ، تصانيف آن يگانهء روزگار در آن اوقات و ادوار . . . . على الجمله چون به سرزمين وادى السلام ، كه معدن علم و مسكن علماى اعلام است در رسيد و به تقبيل عتبهء حضرت شاه اوليا - عليه التحية و الثنا - فائز گرديد ، خود را در زمرهء تلامذهء مرحوم مبرور آيت اللّه حاج ميرزا حبيب اللّه رشتى - اعلى اللّه مقامه - منخرط نمود . و آن بزرگوار كرارا تصريح به مقام اجتهاد وى فرمود . هجرت به سامراء پس از چند ماه توقف وى ، خبر ورودش به سمع حجت الاسلام و المسلمين آيت اللّه فى الارضين الحاج ميرزا محمّد حسن الحسينى الشيرازى - طاب ثراه - رسيد . مرحوم آقا سيد محمّد لواسانى را براى دعوت وى به سامراء ، به نجف اشرف فرستاد ، و چون آن مرحوم بدان مكان شريف مشرف گرديد ، به هر وسيله كه ممكن بود آن وجود محترم و مرحوم مبرور فحل محقق السيد السند المبرء من كل شين ، آقا ميرزا سيد حسين