استاد بزرگوار آيت اللّه سيد موسى شبيرى زنجانى از مرحوم آقا سيد فخر الدين جزائرى و او از مرحوم آيت اللّه شيخ مرتضى آشتيانى نقل مىنمايد : در اواخر سال 1302 ه . ق ، آيت اللّه شيخ جعفر شوشترى از نجف به قصد زيارت مرقد مطهر حضرت رضا عليه السّلام ، به ايران حركت نمود ، و در تهران بر مرحوم حاج ملاعلى كنى وارد شد . رجال پايتخت ، از كوچك و بزرگ ، عالى و دانى ، همه به ديدار ايشان شتافتند . اما پدرم ، آيت اللّه ميرزا محمّد حسن آشتيانى ، سخت مريض و در بستر بيمارى خفته بود و مرا به نمايندگى خويش به ديدن علامه شوشترى فرستاد در منزل حاجى منظره‌اى ديدم كه بهتم زد . من كه خيال مىكردم اكنون حاج شيخ جعفر به عنوان ميهمان بر بالاى مجلس و بر روى مسند نشسته و حاجى هم دم در اتاق - به عنوان ميزبان - نشسته است ، مشاهده كردم كه حاجى در بالاى اتاق در حالى كه آستينهايش را بالا زده بود و شب كلاهى بر سر داشت ، بر روى تشك نشسته و به نوشتن پاسخ استفتائات مشغول است ، و حاج شيخ جعفر هم در حريمى دور تر از حاجى در حالى كه عبا بر دوش و دستهايش را هم از عبا بيرون آورده و با ادب نشسته بود ، مرحوم حاجى را نظاره مىكرد . من از ديدن اين منظره ، ابهت و عظمت مقام حاجى برايم روشنتر شد . همچنين در داستانى به قرار ذيل ، شكوه و منزلت مرحوم حاجى در نزد بزرگان مراجع شيعه ، اين‌گونه آمده است : « زمانى دختر ناصر الدين شاه به عتبات عاليات رفت . در نجف اشرف براى ديدار مرحوم شيخ الطائفه شيخ مرتضى انصارى ( ره ) به منزل ايشان مشرف شد . آثار زهد عيسوى و علائم ورع يحيوى در ساحت شيخ يافت . در اتاق شيخ يك حصير نصف اتاق را پوشانيده و در گوشهء آن كمى سرگين - در عوض ذغال - در منقل مشتعل بود ، و يك سفرهء حصيرى « خوص » به ديوار آويزان بود . و يك پيه‌سوز سفالى در كنار منقل گلى