عثمانى ، و جلوگيرى از حملات فرقه وهابى ، شهر نجف به يكى از امن‌ترين مراكز علمى جهان درآمد و مشتاقان علم از همه سو براى كسب دانش بدان شهر رونهادند . صاحب جواهر هم از فرصت پيش آمده به بهترين روش استفاده كرد و با تربيت صدها مجتهد و دانشمند و روانه كردن آنان به شهرها و كشورهاى اسلامى ، معارف شيعى را در همه جا بويژه در ايران ، عراق ، شام ، لبنان ، هند و افغانستان گستراند . پيشتر نيز جريان اعزام مرحوم شيخ محمّد حسن آل ياسين را به بغداد ، و توقير و تكريم از وى را بازگفتيم . اين سفر خود در عظمت و بزرگى آل ياسين نقش مهمى داشت و بعدها آل ياسين از مراجع تقليد طراز اول عراق گرديد . اينها همه حسن تدبير و دورانديشى صاحب جواهر را مىنماياند . صاحب جواهر در سالهاى آخر عمر پربركت خويش در انديشه آن بود كه پس از خود رياست و سرپرستى حوزهء علميهء نجف را به چه كسى واگذارد . و آن هنگام كه وى در بستر بيمارى به سر مىبرد و لحظات پايانى زندگانى پربار خويش را مىگذارند ، در حالى كه بيشتر بزرگان و شاگردان و فرزندانش او را در ميان گرفته بودند و هركدام خود را شايستهء احراز مقام والاى رياست حوزه مىديدند و همه به وى چشم دوخته بودند ، آن بزرگوار امر مرجعيت و رياست كيان تشيع را به مرحوم شيخ انصارى واگذاشت . شيخ انصارى تا آن روز فردى گمنام بود و جز عده‌اى از خواص ، او را نمىشناختند . وى از شاگردان صاحب جواهر به شمار نمىرفت و تنها مدتى چند در درس آن بزرگوار شركت كرده بود . اما زمانى كه صاحب جواهر بر صلاحيت شيخ انصارى براى احراز اين مقام واقف شد ، و به علم و تقوى و زهد و ورع شيخ پىبرد ، او را بر تمامى شاگردانش مقدم شمرد و مرجعيت و زعامت را به دو واگذاشت . اين نگرش حكايت از آينده‌نگرى و صلاحديد صاحب جواهر براى حوزه نجف