انما البحث در شبهات حكميه مىباشد : شبهه حكميه شبهه‌اى است كه در حكم كلى ايجاد مىشود و از بين بردن و بر طرف كردن شبهه بدست شارع مقدس مىباشد مثل شك داشتن در وجوب يا عدم وجوب نماز جمعه . حال اگر تعريف مشهور را بپذيريم اصول عمليه عقليه داخل در مسائل علم اصول نخواهد بود زيرا طبق تعريفى كه مشهور براى علم اصول كردند بوسيله اصول عمليه ، حكم شرعى كلى استنباط نمىشود يعنى در طريق استنباط قرار نمىگيرند ، ولى طبق تعريف آخوند اصول عمليه عقليه در طريق استنباط حكم كلى قرار مىگيرند زيرا طبق تعريف آخوند اصول عمليه قواعدى هستند كه مجتهد در مقام عمل از آنها بهره‌بردارى كرده و حكم شرعى را استنباط مىنمايد . « 1 »

--> ( 1 ) - منظور از اصول عمليه در عبارت آخوند كه فرمودند : « و مسائل الاصول العمليه فى الشبهات « حكميه » اصول عمليه عقليه مىباشد و الا اصول عمليه شرعيه بنفسها داخل در تعريف علم اصول هستند زيرا بوسيله آن حكم شرعى استنباط مىشود و احتياجى به داخل كردن آن در تعريف نيست ( عناية الاصول جلد 1 صفحه 14 و 13 ) ولى جناب حكيم در حقايق الاصول مىفرمايند : برخى از اصول عمليه شرعيه مانند حديث رفع ، داخل در تعريف مشهور نمىباشند ولى در تعريف آخوند داخل‌اند . در حديث رفع ( يعنى در اصل عمليه شرعيه ) دو مبنا وجود دارد : الف ) مفاد حديث رفع ، رفع منع ، و رفع الزام مىباشد . ب ) مفاد حديث رفع ، جعل حكم ظاهرى است . حال جناب حكيم مىفرمايند حديث رفع بنابراين مبنا كه رفع منع و رفع لازم نمايد ، طبق نظر مشهور جزء مسائل علم اصول نيست زيرا نفى لازم اگرچه شرعى است ولى حكم شرعى نمىباشد و طبق نظر مشهور در طريق استنباط قرار نمىگيرد و الا كانت الاحكام عشره لا خمسه الا ان يراد من الحكم هنا ما يعمه حائق الاصول جلد 1 صفحه 17 و 16