به شهادت مورّخان ، مردم مدينه پس از مشاهدهء آثار و بقاياى به‌جا مانده از مسجد و عدم توانايىشان در بازسازى و ترميم آن ، نامه‌اى به خليفهء وقت ؛ « مستعصم باللَّه‌بن مستنصر باللَّه » نوشته ، شرح اسف‌انگيز حريق بناى مسجد را به اطّلاع او رساندند . مستعصم باللَّه ، كه در سال 656 ه . ق . به امر هلاكوخان كشته شد ، معماران را با اسباب و لوازم ساختمانى به سوى مدينه بسيج نمود . آنان در آغاز سال 655 ه . ق . شروع به تجديد بناى مسجدالنّبى نمودند . با توجّه به ريزش سقف بر روى مقبرهء محمّد رسول اللَّه معماران و بزرگان مدينه ، جرأت و نحوهء پاكسازى حجره و مرقد را در خود نيافتند . از اين رو نامه‌اى جهت تعيين تكليف به خليفه نگاشتند . ولى درگيرى خليفه و ستيز شهروندان بغداد با تاتارهاى مهاجم ، سبب شد كه پاسخ مقتضى در اين خصوص داده نشود و حجره به همان سان باقى ماند . چون مردم در سال 655 ه . ق . امكان و اقتضاى ترميم را به دست آوردند و حدود حجره و مرقد و روضه را شناختند ، با رعايت دقيق موازين دينى و تاريخى ، سقف حجره و اطراف آن را تا ديوارهاى قبله و سمت شرقى آن و باب جبرئيل و روضه و منبر ، ترميم و بازسازى كردند . در سال 656 ه . ق . كه بر اثر جنگ بغداد با تاتارها ، ارتباط مدينه با مركز خلافت قطع شده بود ، وسايل لازم جهت ادامهء تعميرات بناى مسجد از جانب « منصور نورالدّين ابن معز ايبك ، صالحى » امير مصر تأمين گرديد و در جهت تسريع و اهتمام بيشتر به امر بازسازى ، از طرف امير يمن ، « مظفّر شمس‌الدين يوسف بن منصور عمر بن على » از « بنو رسول يمن » كه در سال 647 ه . ق . بر زيبد و عدن حكومت مىراند ، وسايل و بودجه و معماران يمنى به سوى مدينه رهسپار شدند . در سال 657 ه . ق . با توجه به امكانات ارسالى ياد شده ، بناى مسجد از باب‌السّلام تا باب‌الرّحمه و از باب جبرئيل تا باب‌النّساء دوباره سازى گرديد . در ذى القعده سال 657 ه . ق . امير نامبرده معزول گرديد و « مظفر سيف‌الدين قطر معزى » ( محمود ابن‌ممدود ) بر كرسى امارت تكيه زد و پس از اندى به قتل رسيد . لذا توفيقى براى كمك به تداوم بازسازى بناى مسجدالنّبى حاصل نكرد . در اواخر سال