در موارد فراوانى اختلاف نظر در اين مجارى وجود دارد . مثلا در باب اينكه استصحاب در كجا جارى مىشود آن‌همه اختلاف نظر وجود دارد ، در جاى خود به آنها خواهيم پرداخت . نكتهء سوم . بيان اجمالى مجارى اصول چهارگانه : دانشمندان اصول هركدام به سليقهء خود فهرستى را در بيان مجارى اين اصول ذكر كرده‌اند كه برخى از آنها مبتلا به اشكالاتى است . مثلا شيخ انصارى رحمه اللّه در آغاز كتاب فرائد الاصول در اين رابطه دو بيان دارند كه بيان اول ايشان مبتلا به اشكال است . شيخ فرموده است : آنجا كه حالت سابقه ملاحظه نشود يا احتياط ممكن است و يا ممكن نيست ؛ اگر احتياط ميسور نباشد مجراى اصالة التخيير است . اشكال ما اين است كه چه‌بسا احتياط ممكن نباشد ، ولى در عين حال از اصالة التخيير هم استفاده نشده ، بلكه اصالة البراءة جارى شود . مثلا شك داريم كه شرب توتون در اسلام واجب است يا حرام و يا مباح ، در اينجا احتياط ميسر نيست ؛ در عين حال اصل تخيير هم جا ندارد چون شك در اصل تكليف است و جاى اصل برائت است . پس بهتر آن است كه شك در تكليف را از اول جدا مىكردند ، سپس شك در مكلّف به را دو قسم مىكردند : 1 . يا احتياط ممكن است 2 . و يا ممكن نيست ؛ اينجا جاى تخيير است . به نظر مصنف ، بهترين بيان در ذكر فهرست مجارى اصول چهارگانه ، بيان استاد محقق نايينى است . به عقيده مرحوم نايينى ، به‌طور كلى شك بر دو قسم است : الف . گاهى مشكوك ، حالت سابقه دارد و شارع هم در مقام حكم آن حالت را لحاظ نموده و به ملاحظهء آن حكم كرده است . اينجا مجراى استصحاب است ؛ مثال : تا به امروز يقين داشتم كه زيد عادل است ، ولى امروز شك پيدا كرديم كه آيا باز هم زيد بر عدالت خويش باقى است يا خير ؟ شارع فرموده : « لا تنقض اليقين بالشك بل انقضه بيقين آخر » ؛ يعنى بنا را بر عدالت بگذار و در نتيجه آثار شرعيه عدالت واقعى را بر عدالت مستصحبه مترتب كن . ب . گاهى نيز مشكوك يا اصلا حالت سابقه ندارد و ابتدا به ساكن براى مكلف شك