ايشان در كنار تدريس ، به تأسيس مدارس علميه و مهم‌تر از همه ، تأسيس كتاب‌خانه‌اى شامل مجموعهء بزرگى از نسخ خطّى كمياب پرداخت كه يكى از كتاب‌خانه‌هاى بزرگ كشور به شمار مىآيد . آية اللَّه مرعشى نجفى ، در روز چهارشنبه هفتم شهريور ماه 1369 ( 1411 ق ) وفات كرد و در ورودىِ كتاب‌خانهء خود در قم به خاك سپرده شد . « 1 » مرورى بر « ملحقات الإحقاق » شهيد ثالث در إحقاق الحق ، نخست متن نهج الحق را با عبارت « قال المصنّف » و سپس متن إبطال نهج الباطل را با عبارت « قال الناصب » و در نهايت ، ديدگاه خود را با عنوان « أقول » بيان نموده است . مرحوم آية اللَّه مرعشى در ابتداى جلد اوّل ، مقدّمهء مفصلى را با عنوان « اللّئالى المنتظمة والدُّرَر الثمينة » آورده و در ضمن آن از علّامهء حلّى و محمّد خدابنده ( الجايتو ) - كه علّامه ، نهج الحق را براى وى نگاشته بود - و همچنين از فضل اللَّه بن روزبهان و قاضى نور اللَّه و كتاب‌هاى آنها سخن گفته است . سپس تعليقات گسترده و توضيح هر سه متن ياد شده را در پانوشت‌هاى بعضاً چند صفحه‌اى نوشته است . البته در بعضى مجلّدات كتاب ، ديگر خبرى از متن سه كتاب قبلى نيست و هر چه هست ، مستدركات إحقاق الحق است تا اين كه پس از جلد بيست و يكم ، يك جلد فهرست مفصّل براىِ همهء آن تعليقات و استدراكات ، تهيّه شده است . امّا كار به پايان نرسيد و ادامهء كار ، توسط محقّقان كتاب‌خانهء آية اللَّه مرعشى پيگيرى شد تا اين كه مجلّدات اين مجموعه به 33 جلد رسيد و منتشر گرديد و در سال 1374 ش ، به عنوان كتاب سال جمهورى اسلامى انتخاب شد . پيش‌بينى مىشد كه تدوين اين كتاب ، تا پنجاه جلد ادامه داشته باشد . « 2 » بايد يادآور شد كه اين مجموعه طى چند سال به تدريج چاپ

--> ( 1 ) . ر . ك : المسلسلات فى الإجازات ، ج 1 ، ص 15 - 20 . ( 2 ) . گفتنى است در تكميل اين اثر بزرگ ، تعداد بيست نفر از علما و محقّقان حوزه علميهء قم ، شركت داشتند و تحت نظارت آية اللَّه مرعشى ، مشغول به كار بودند ( ر . ك : شهاب ، شمارهء 11 ، ص 70 ) .