مشهورترين سرزمينهاى تحت سلطه مغولها از جمله فارس ، آذربايجان ، اران و عراق بر عهده داشت ، آنها نيز بر عهده گرفتند . ابن فوطى در مورد سرگذشت فرزندان خواجه چنين مىنويسد : بعد از آن ، فخر الدين احمد بن خواجه نصير الدين طوسى رسيد و امر كليه موقوفات به او سپرده شد » . سپس اين مؤلف اشاره‌اى دارد به افرادى كه فخر الدين طوسى مسؤوليت ادارهء امور اوقاف در عراق را به نيابت از خود به آنها مىسپارد . در مورد فرزندان خواجه نصير الدين طوسى از جمله فخر الدين احمد ، اصيل الدين حسن و صدر الدين على در دو كتاب « الحوادث الجامعه » و « تلخيص مجمع الاداب » اثر ابن فوطى ، مطالبى نقل شده است . فخر الدين احمد مانند پدرش مسؤوليت نظارت بر مدارس بغداد از جمله مدرسه مستنصريه را داشته و بر عهدهء او بوده است كه فقها و مدرّسان اين مدرسه را تعيين كند . تمامى فرزندان خواجه نصير الدين طوسى خود را وقف علم ، بحث ، تأسيس آكادمىهاى علمى و كتابخانه‌هاى بزرگ كرده ، تمامى اهتمام خود را در اصلاح اوضاع فاسد اجتماعى سرزمينهايى كه مغولها بر آنها دست انداخته بودند ، مصروف مىنمودند . دورى آنها از دخالت در امور سياسى ، باندبازى ، توطئه‌چينى و چشم دوختن به مناصب دولتى موجب شد كه آنها در دوران‌هاى مختلف حكومت مغولان ، در امنيت و سلامت زندگى كنند . از ميان فرزندان خواجه نصير الدين طوسى ، فخر الدين احمد به موجب دستور سلطان غازان در شهر سيواس به سال 700 هجرى به قتل رسيد . شبيبى در ذيل جلد دوم كتاب ابن فوطى صفحهء 208 - 210 در اين مورد مىنويسد :