خواجه از نياز هلاكو خان به او و اشتياقش به وجود يك اخترشناس و منجم در اردوگاهش ، بهره‌بردارى كرد و تصميم گرفت اعتماد و احترامش را جلب كرده ، تا از اين راه بتواند خواسته‌هايش را بر او تحميل كند . همين امر موجب شد شمار زيادى از كتب اسلامى از خطر نابودى نجات يابد ، همچنان‌كه بسيارى از دانشمندان مسلمان در معرض كشتار ، جان سالم بدر برند . چون هلاكو خان بر اوضاع مسلط شد و به‌طور كامل استقرار يافت ، خواجه نصير الدين طوسى اولين مرحلهء برنامه‌اش را آغاز نمود و اولين گام را كه گام بلندى بود برداشت . او هلاكو خان را قانع كرد كه نظارت بر اوقاف اسلامى را بر عهدهء او گذارد و به او اين مسؤوليت و آزادى را بدهد كه با صلاحديد خود در آنها تصرف كند . هلاكو خان موافقت كرد . خواجه بعد از انديشه و تأمل و ملاحظهء اين حقيقت كه انحطاط فكرى مسلمانان به حدى رسيده كه از علم چيزى نزد آنان جز پوستهء بدون مغز باقى نمانده است و علم را منحصر در فقه و حديث كرده ، ساير معارف بشرى را كه دين بزرگ اسلام همواره مشوق آن بوده است ، تحريم نموده‌اند و از علوم عملى به‌طور كامل دست كشيده‌اند ، افتتاح مدارسى را براى هريك از علوم فقه ، حديث ، طب و فلسفه به اطلاع عموم رساند و تعهد نمود كه هزينهء تحصيلى دانش‌پژوهان اين علوم را تأمين كند ، به اين صورت كه به هريك از محصلان فلسفه روزى سه درهم ، به محصلان طب روزى دو درهم و به محصلان فقه روزى يك درهم و بالأخره به محصلان علم حديث روزى نيم درهم پرداخت كند . به اين ترتيب مردم از مدارس فلسفه و طب استقبال شايانى كردند ، درحالىكه قبلا اين علوم مخفيانه تدريس مىشد . اين‌چنين خواجه نصير الدين طوسى اولين پيروزى را در صحنهء مبارزه با دشمنان اسلام به دست آورد .