پس از آن‌كه علاء الدين به دست يكى از حاجبانش به قتل رسيد ، رياست نزاريان به دست فرزند ارشدش ، ركن الدين خور شاه بود تا اين‌كه مغولها حمله دومشان را به رهبرى هلاكو آغاز كردند و ركن الدين مجبور به تسليم شد . آنچه نقل شد ، يكى از نظرياتى بود كه در مورد ارتباط خواجه نصير الدين طوسى با نزاريان ابراز شده است . اما برخى ديگر از مورخان با اين اظهارنظر مخالفند و عقيده دارند خواجه علىرغم ميل باطنى خود نزد نزاريان آمد و از روى اجبار و اكراه نزد آنان اقامت گزيد . در درة الاخبار آمده است فرامينى به فدائيان نزارى صادر شد كه خواجه را بربايند و به قلعهء الموت بياورند ؛ فدائيان نزارى كه مدتها در اطراف باغهاى نيشابور در كمين بودند ، از او مىخواهند به همراه آنها به الموت برود . ولى او از آمدن امتناع مىكند . بالأخره وقتى او را به قتل تهديد مىكنند ، مجبور مىشود همراه آنان به الموت برود . او در ساليان اقامت در قلعه الموت ، همچون يك اسير يا زندانى ، زندگى كرده است . همچنين سرجان ملكم در تاريخش اين مطلب را تأييد كرده است كه خواجه به اجبار به الموت آمد . اگرچه نقل وى از جريان اين اجبار با نقل مؤلف درة الاخبار ، اختلاف دارد ، اما وصاف الحضره در تاريخش نظريهء معتدلى را نسبت به دو نظريهء قبلى پذيرفته است . وى معتقد است كه خواجه نصير الدين طوسى با اختيار خود نزد ناصر الدين آمد . اما در طى اقامتش نزد او حوادثى اتفاق افتاد كه رابطهء آنها را تيره نمود لذا ناصر الدين بر او غضب كرد و او را به عنوان يك زندانى نزد خود نگهداشت . پس از مدتى ناصر الدين ، خواجه را مجبور كرد همراهش به قلعهء ميمون دژ بيايد . خواجه مدتى را در اين قلعه به‌عنوان يك زندانى كه قادر به ترك مكان خود نيست ، زندگى كرد .