[ 12 ] اصول المعارف فيض توجه شايانى به شناخت اسرار دين داشته و بر اين باور بوده كه بين اسرار نازل از سوى خداوند به وساطت انبياء و اولياء و حكمت فائض بر نفوس مستعدين حكماى الهى تهافت و تناقض وجود ندارد . لذا براى اثبات اين مدّعا كتاب عين اليقين را نگاشت . او از اين اثرش خلاصه‌اى فراهم نموده و آن را اصول المعارف ناميده است . اصول المعارف داراى ده باب به همراه فصولى است ، از اين قرار : باب الاول : فى الوجود و العدم و فيه معرفة الذّات ؛ باب الثانى : فى العلم و الجهل و ما فى معناهما ؛ باب الثالث : [ فى الغنا و الفقر ] و فيه معرفة الاسماء ؛ باب الرابع : فى الماهيّات و التعيّناتها و فيه معرفة ما سوى اللّه ؛ باب الخامس : فى السبب و المسبب و فيه معرفة الغايات ؛ باب السّادس : فى الطبايع و تجدّدها و ارواحها و فيه معرفة حدوث العالم ؛ باب السّابع : فى الحركة و الزمان و المكان و ما يتبعها ؛ باب الثامن : فى السموات و الارض و ما بينهما ؛ باب التّاسع : فى الخير و الشّر و اللذّة و الالم ؛ باب العاشر : فى اصول النشآت و حقائق الموجودات و ارواحها و صورها . مؤلف ، كتاب مذكور را در چهار هزار بيت ، به سال 1089 تصنيف نموده است . يكم [ 13 ] ؛ دوم [ 11 ] ؛ لولوة 123 ؛ روضات 91 / 6 ؛ كشف الحجب ، 50 ؛ كشف الاستار 201 / 3 ؛ ايضاح 93 / 1 ريحانة 375 / 4 ؛ الذريعه 212 / 2 . آغاز / نحمد للّه على حسن توفيقه ، شانه هداية . . . اما بعد فيقول محمد بن مرتضى . . . هذه رموز ربانيّه . . . انجام / من غير دلالة لها على خصوص معانيها ، . . . فيما لا تعلمون . . . تمّ اصول المعارف يوم الاحد و صار هذا الكلام . . . من ذلك العام و الحمد للّه رب العالمين .