اين موضوعات در دو بخش تنظيم شده‌اند كه هر يك بر مباحث متعددى مشتمل هستند . در بخش اول ، مسئلهء عقل ، علم ، و تفسير آيات علمى قرآن از ديدگاه هر يك از پنج تفسير بررسى شده است . در بخش دوم ، موضوعات معجزات پيامبران ، امدادهاى غيبى و عذاب‌هاى الهى در قالب داستان‌هاى قرآن ، در كنار مسئلهء ملائكه ، جن و شيطان ، از ديدگاه هر يك از پنج مفسر مورد نظر ، بررسى شده است . در اين فصل ، با انتخاب اين موضوعات كوشيده‌ايم تا نشان دهيم از يك سو ، علم به عنوان مهم‌ترين دستاورد عقل بشرى تا چه حد در تفسير قرآن نقش دارد و از سوى ديگر به جايگاه والاى اصول و مبانى عقلى در تفسير واقف شويم تا با شناخت آن بتوانيم برخوردى روشمند با قرآن را در پيش گيريم ، باشد كه به درك بهتر آن نايل آييم . هنگام بررسى يك موضوع در تفاسير ، براى دست يا بى به نگرشى جامع از عقايد هر مفسر ، ديدگاه هر مفسر را در مبحثى مستقل مطرح نموده‌ايم و موضوعات مرتبط را در كنار هم آورده‌ايم . در بخش اول ، موضوع عقل و علم و تفسير آيات علمى از نگاه پنج مفسر ، در پنج مبحث مستقل مطرح شده‌اند . در بخش دوم نيز همين شيوه به كار گرفته شده است . ملائكه ، جن و شيطان ، همچون مسئلهء معجزات پيامبران و امدادهاى غيبى و عذاب‌هاى الهى از امور ماوراى مادى تلقى مىشوند كه به جهان غيب تعلق دارند . از اين رو در بخش دوم نيز اين موضوعات را از ديدگاه هر مفسر ، يك جا مطرح كرده‌ايم . آيات انتخاب شده براى اين دو بخش ، با مطالعهء قرآن و همچنين مراجعه به كتبى كه به نقد تفاسير پرداخته‌اند ، تعيين گرديده است . كوشش شده آيات مشابهى در تمام پنج تفسير ، مورد بررسى قرار گيرد تا امكان مقايسه بين ديدگاه‌هاى اين مفسران نيز ميسر باشد . آن چه در تفسير اين موضوعات مورد توجه قرار گرفته است عبارتند از : روش تفسيرى مفسر مورد نظر ، از اين آيات ، به مجاز و تمثيل گراييدن او و بهره گرفتن او از مطالب علمى و شيوه‌اى كه در صورت بروز تعارض بين تفسير آيات و مباحث علمى پى مىگيرد . همچنين دست‌يابى به نظر او دربارهء هدف قرآن از پرداختن به اين موضوعات ، روش بيان قرآن در اين مقام و مخاطبان قرآن . بايد توجه داشت كه پنج تفسير مورد بررسى ما تفاوت‌هاى بسيارى با هم داشته‌اند . از اين ميان ، تفسير المنار با پرداختن به دوازده جزء قرآن ، كوتاه‌ترين اين تفاسير است . اين كمبود در مباحثى كه در سوره‌هاى بخش دوم قرآن بيش‌تر مطرح گرديده ، كاملا محسوس است . علاوه بر اين ، هر يك از اين تفاسير ، با تمام موضوعات قرآنى در يك حد از اهميت برخورد نكرده‌اند . از اين رو در بعضى موضوعات به تفصيل بيش‌ترى وارد شده‌اند و از بخشى ديگر به اختصار گذشته‌اند . همين امر