تمامى قرآن مىگيرد و از آغاز قرآن سورهء الحمد شروع نموده لغايت آيهء 65 سورهء بقره ( وَ لَقَدْ عَلِمْتُمُ الَّذِينَ اعْتَدَوْا مِنْكُمْ فِي السَّبْتِ . . . ) ديگر اجل به او مهلت نداده و در راه حج در شهر بصره وفات يافت و در همان سامان به خاك سپرده شد . نسخه‌اى از آن از مخطوطات كتابخانهء كاتب اين سطور در قزوين و نسخه‌هاى متعدد در كتابخانهء مركزى آستان قدس رضوى و كتابخانهء مرعشيه قم موجود است . اين تفسير نخستين بار سورهء الواقعه و تفسير آيهء النور در سال 1313 ق و بعد بارها با بقيهء سوره‌ها و مجموع تفسير در تهران چاپ سنگى شده است . سپس آقاى سيد عبد الله فاطمى از سورهء الحمد لغايت آيهء ( يا أَيُّهَا النَّاسُ اعْبُدُوا رَبَّكُمُ . . . ) در 456 صفحه به قطع وزيرى بدون تاريخ طبع نموده و مجدد در سالهاى 1352 - 1367 ش توسط انتشارات بيدار قم در هفت مجلد طبع گرديده است . ملا صدرا تفسيرهاى ديگرى نيز دارد بدين قرار : 1 ) اسرار الآيات و انوار البينات ، كه در يك جلد به زبان عربى و به شيوهء فلسفى شامل بخشى از آيات قرآن و در اسرار و نشانه‌هاى عظمت ربانى از انواع مخلوقات و موجودات نوشته شده است . نسخه‌هاى متعددى از آن در دست است و در سالهاى اخير به تصحيح محمد خواجوى طبع منقحى يافته است ؛ 2 ) متشابهات قرآن ، كه در يك جلد به زبان عربى و به سبك عرفانى و فلسفى آيات متشابه را كه معنى آنها روشن نيست با مشرب فلسفى خود از راه مكاشفه و تأويل ، بحث و تفسير نموده و در شش فصل تدوين كرده است . نسخه‌هائى از آن موجود است : شمارهء 7577 كتابخانهء آية الله مرعشى قم ، شمارهء 87 كتابخانهء دانشگاه تهران ؛ 3 ) حاشيه و شرح تفسير بيضاوى ، در يك جلد به زبان عربى و شيوهء فلسفى و عرفانى تفسير انوار التنزيل قاضى ابو سعيد بيضاوى ( م 685 ق ) را مورد بحث و شرح قرار داده است .