او به جانب بغداد حركت كرد و در هشتم ماه جمادى الاولاى سال 289 وارد بغداد شد . در اين سال در شام مردى از قرمطيان ظهور كرد و جماعتى از اعراب را گرد آورد و به دمشق برد . طغج پسر جف از سوى هارون پسر خمارويه پسر احمد بن طولون فرمانرواى دمشق بود . ميان دو گروه جنگهايى درگرفت . در سال 291 خلق كثيرى از تركان در ما وراء النهر خروج كردند . در لشكرگاهشان هفتصد خيمه تركى بود فقط از آنِ رؤساى آنان . سپاه مسلمانان بر سرشان تاختند و تا بامداد همه را تار و مار ساختند و خلق عظيمى را از آنان كشتند و باقى به هزيمت شدند . هم در اين سال سپاهى از روم بيامد ، كه ده صليب به همراه داشت و در زير هر صليب ده هزار نفر . اينان به ثغور بلاد اسلامى حمله كردند و همه جا را به آتش كشيدند و جماعتى را به اسارت گرفتند . در سال 292 مكتفى از راه دريا و خشكى لشكر بر سر هارون بن خمارويه كشيد و او را در مصر محاصره كرد و ميانشان نبردهاى سهمگين در گرفت . در يكى از اين نبردها يكى از سپاهيان مكتفى زوبينى بر هارون زد و او را بكشت و مصريان منهزم شدند . هارون آخرين امير آل طولون بود . با مرگ او در اين سال دولت طولونيان منقرض شد . در سال 293 روميان به قورس حمله كردند ، آن را در تصرف آوردند ، مسجد جامع آن را آتش زدند ، بيشتر مردم را كشتند و كسانى را كه زنده مانده بودند به اسارت بردند . در سال 295 در ماه ذو القعده المكتفى باللّه درگذشت . مدت خلافتش شش سال و شش ماه بود و مدت عمرش سى و سه سال . در ايام مكتفى يوسف ساهر طبيب شهرت داشت . او به قس نيز معروف است . ساهر طبيبى بود نام‌آور و در تحصيل فوايد طب سخت كوشا . از اين رو او را ساهر « 530 » مىخواندند كه در شب جز يك چهارم يا كمى بيشتر از آن را نمىخوابيد . سپس براى كسب علم بيدار مىشد . بعضى گويند او را از آن رو ساهر مىگفتند كه در