سنه 1361 هزار و سيصد و شصت و يك - مطابق 16 آذرماه باستانى - در نجف وفات كرد ، و در حجرهء دويم طرف چپ آنكه از در مغرب معروف بباب سلطانى بيرون رود و پهلوى دالان است دفن شد ، و بوفات او فاجعهء بزرگى بمذهب شيعه رخ داد « 1 » ، و در نجف چندين روز و همچنين در ساير شهرها مجالس تعزيه متعدده براى او بر پا نمودند ، چنان كه مرحوم حاجى سيد على نجف‌آبادى نيز در اصفهان در 1 شنبه 11 ذىالحجه مجلسى براى ترحيم وى فراهم نمود . و مراثى عديده براى او گفته شد ، از آن جمله شيخ جواد قسام خطيب نجفى فرموده : ما مات من آثاره بعده * بين الورى باقية الاسم لما سروا بنعشه و الهدى * ظلت أسى عيونه تدمى بلوعة أرخته : قد دجا * بعد ضياء أفق العلم 1361 در « نقبا » فرمايد : ظاهرا ناظم دجا را با الف مقصوره نوشته و در حساب ياء گرفته و ده اعتبار كرده . و در ( ص 958 ) فرمايد : فرزند وى در حيات خودش بديوانگى مبتلا شده و وفات كرد « 2 » .

--> - كرده‌اند : « رحلت مرحوم آقاى آقا ضياء الدّين عراقى مجتهد طراز اول نجف : شب 28 ذىقعده 1361 » انتهى ، و در « معارف الرجال » روز دوشنبه 28 قعده نوشته كه البتّه ناظر بدفن در آن روز است . لكن در « اعيان الشيعة » و « ريحانة الادب » و « مؤلفين كتب چاپى » و « فهرست كتابخانه استان قدس » همه باشتباه ، وفات را در ذىالحجه نوشته‌اند . م . عفى عنه . ( 1 ) خصوصا كه يك هفته‌ئى پس از درگذشت آن مرحوم ، شخصيت بىنظير ديگرى در جهان دانش شيعه يعنى آية اللّه حاج شيخ محمد حسين اصفهانى ( متولد 1296 ) در همان نجف اشرف برحمت ايزدى پيوست و با اين دو فقدان دردناك ، حوزه مقدسه علميه بهترين و كاملترين مجتهدان محقق و مربّى و مدرس بىنظير خود را از دست داد . م . ( 2 ) در ص 2217 گذشت كه مرحوم آقا سيد مهدى امامى داماد صاحب عنوان بوده ، اينجا اضافه مىكنيم كه او را از اين مواصلت فرزندان پسر و دختر متعددى فراهم آمد ، و خود خلف مرحوم سيد محمد خاتون‌آبادى است كه مدتى در نجف بوده و سپس بكربلا منتقل و در همان‌جا درگذشته و دفن شده و او را به غير از سيد مهدى اولاد ذكور و اناث ديگرى -