پس از جدّ و جهد و اجتهاد نسبت به عقيدهء خود مضطر و مجبور است نه مختار و آزاد ، به هيچ وجه نزد اهل دين مقبول نيفتاد و بازار تكفير و تفسيق فيلسوفان همچنان رونق خود را همراه داشت . حتّى شيخ شهيد مقتول شهاب الدّين سهروردى كه معتقد بود كه همهء حكما قائل به توحيد بوده‌اند و اختلاف آنان فقط در الفاظ است و سخنان آنان بر طريق رمز بوده است و « لا ردّ على الرّمز » جان خود را بر سر همين سخن از دست داد به ويژه آنكه او حكمت ذوقى را بر حكمت بحثى ترجيح داد و مبانى حكمت اشراق را تدوين كرد و آن را بر كشف و ذوق بنيان نهاد و آن حكمت را به مشرقيان كه اهل فارس هستند منتسب ساخت . اين دورهء تاريك و ظلمانى فلسفه با ظهور فيلسوفان ايرانى شيعى كه معمولا آنان را اهل حكمت متعاليه خوانند رو به زوال نهاد و دورهء درخشان و شكوفائى پديد آمد . كه نظير آن در هيچ يك از كشورهاى اسلامى ديگر سابقه نداشت . اينان با استظهار به قرآن و حديث و توسّل به تجوّز و توسّع و تأويل موفّق شدند كه فلسفه را از آن تنگنائى كه مورد طعن و لعن بود بيرون آوردند و لحن تكريم و تقديس فلاسفه را جانشين آن سازند . حال بايد ديد دانشمندان شيعهء ايرانى براى رفع اين نفرت و زدودن اين زنگ از چهرهء فلسفهء يونان چه انديشيدند كه فلسفه چنان مورد پذيرش قرار گرفت كه حتّى تا اين زمان فقيهان و مفسّران قرآن به فلسفه مىپردازند و شفا و اشارات ابن سينا را تدريس مىكنند و به مطالب آن استشهاد مىجويند كه از نمونهء آن مىتوان از علّامه طباطبايى و سيد ابو الحسن رفيعى قزوينى و شيخ محمّد تقى آملى و امام خمينى - رحمة اللّه عليهم اجمعين - نام برد . اينان وارث علم گذشتگان خود بودند همان گذشتگانى كه ابتكار تطهير فلسفه و تحبيب فلاسفه را عهده‌دار گرديدند كه از ميان آنان مىتوان از ميرداماد و ملا صدرا و فيض كاشانى و عبد الرّزاق لاهيجى و حاج ملّا هادى سبزوارى نام برد ؛ يعنى