اين دوران شكوفائى علم و فلسفه در جهان اسلام دير نپائيد چه آنكه امام محمّد غزّالى با تأليف كتاب تهافت الفلاسفة به تكفير فيلسوفان پرداخت و در عقيدهء به قدم عالم آنان را كافر خواند و از جهتى ديگر گروهى ظهور كردند كه پرداختن به علم طبّ را تحريم كردند و آن را دخالت در كار الهى دانستند و كار بدانجا كشيد كه علم حساب و هندسه هم كه هيچ ارتباطى نفيا و اثباتا با دين نداشت مورد نفرت قرار گرفت و دانندگان آن منزوى گرديدند . جدال ميان اهل دين و اهل فلسفه بالا گرفت و شكاف ميان اين دو روز به روز بيشتر شد به ويژه آنكه برخى از دانشمندان راه غزّالى را در ضديّت با فلسفه دنبال كردند چنان كه ابن غيلان معروف به فريد غيلانى يا افضل الدّين غيلانى كتاب حدوث العالم خود را تأليف كرد و در آن ابن سينا را در اينكه دلايل كسانى را كه براى گذشته آغاز زمانى قائل بودند ابطال كرده بود ردّ كرد و در آن از هيچ اهانتى به شيخ الرّئيس از جمله : « عمى أو تعامى » ، « يروغ كروغان الثّعلب » فروگزارى نكرد . مخالفان فلسفه براى محكوم كردن انديشه‌هاى فلسفى به هر وسيله‌اى متوسّل مىشدند گاه بر تعبيرات و تفسيرات فلاسفه خرده مىگرفتند و مىگفتند مثلا فلاسفه از تعبيرات قرآنى معانى را اراده مىكنند كه مقصود و مراد صاحب وحى نبوده است مثلا « توحيد » و « واحد » را تفسير مىكنند به « آنچه كه صفتى براى آن نيست و چيزى از آن دانسته نمىشود » در حالى كه توحيدى را كه رسول ( ص ) آورده در بردارندهء اين نفى نيست بلكه الهيّت را فقط براى خداى يگانه اثبات مىكند . و گاه الفاظ نامأنوس علوم اوائل را كه وارد زبان عربى شده بود بهانه مىكردند همچون سولوجوسموس ( - قياس منطقى ) و انالوجوسموس ( - قياس فقهى ) تا بدانجا كه از هر كلمه‌اى كه با سين ختم مىشد اظهار نفرت مىكردند و به قول ابو ريحان بيرونى آنان حتّى نمىدانستند كه سين نشانهء فاعلى است و جزو نام به شمار نمىآيد و در اين مقوله كار بدانجا كشيده شد كه