وفاته كما اختلف المؤرخون في ولادته ومحلها ، فقد اختلفوا في سنة وفاته ، ويومها دون محلها . إذ من الثابت أنها كانت في أصفهان ، في الثاني عشر أو الثامن عشر من شهر شوال . أما السنة فهناك أقوال خمسة هي : 1 - أنها كانت سنة 1029 ، ومستنده التاريخ الذي صنعه الشيخ صالح البحراني ، المعاصر للسيد الجزائري وهو : - بدر العراقين خبا ضوؤه * ونير الشام وبدر الحجاز - أردت تاريخا فلم أهتد * له فألهمت قل : ( الشيخ فاز ) ( 1 ) ويدفعه وجود نسخة من الاثني عشريات الخمس بخط تلميذه محمد هاشم الأتكاني فرغ منها في شوال 1029 ، وعليها إجازة للشيخ البهائي في العشر الأوسط من أول ربيعي 1030 ، وفي آخر الصلاتية بلاغ مؤرخ في العشر الأول من شهر رجب من عام 1030 ( 2 ) . 2 - كونها سنة 1030 ، وهو المنقول عن جمع ، منهم تلميذه ومصاحبه السيد حسين بن السيد حيدر بن قمر الحسيني الكركي حيث يقول على ما حكي عنه : " وتوفي قدس الله روحه - الشيخ البهائي - في أصفهان في شهر شوال سنة ألف وثلاثين وقت رجوعنا من زيارة بيت الله الحرام " ( 3 ) . وقد تساءل المحقق الحجة السيد المهدي من آل الخرسان في مقدمته عن هذه الزيارة وماهيتها قائلا :

--> ( 1 ) روضات الجنات 7 : 79 / زهر الربيع 2 : 9 / كشكول البحراني 2 : 245 . ( 2 ) أنظر الذريعة 1 : 239 ت 1266 / الروضة النضرة : 630 . وقد رأيت مصورتها لدى العلامة السيد أحمد الحسيني دام عزه . ( 3 ) روضات الجنات 7 : 59 .