داخل قبه و اطراف آن و قسمتى از بالاى سرستون‌ها و محراب مسجد با كاشيهاى بسيار ظريف و زيبا و خوشرنگ براق با استادى مخصوص تزئين شده است دور تا دور و داخل گنبد بالا و پائين پنجره‌ها ، اطراف محراب و سرستون‌ها ، كتيبه‌هاى آيات قرآنى ، و نام‌هاى ذات پاك الهى و اسامى ائمه اطهار عليه السّلام به خط خوشنويس مشهور ميرزا احمد زنجانى ، رونق مخصوص به آن داده است . بين ستون‌ها و زير طاق‌ها و ميان راهرو در ورودى و داخل بعضى مقابرى كه جهت دفن اموات ساخته شده ، و اينك عده‌اى نيز در آنها مدفونند ، با دقت و هنرمندى قابل توجهى آئينه‌كارى شده است . تمام ستون‌ها و سرستون‌ها با قطعات مرمر نخودى رنگ براق و نيز در اطراف ديوار زير گنبد به طور دو متر كه همه را در تهران تراشيده و به قم حمل كرده‌اند از مرمرهاى قهوه‌اى ابرى ، پوشيده شده است - همچنين سراسر كف صحن ( به استثناء جلو محراب كه تا حدود دو ستون مقابل با سنگ سياه مفروش و حدود مسجد را مشخص مىسازد ) از مرمرهاى مرغوب معمولى كه ميان آنها با نوارهاى سياه رنگ سنگى ، اشكال مختلفى به وجود آورده‌اند ، فرش شده است . بر سردر ساختمان فعلى موزه و بالاى درى كه مقابل ضريح مطهر باز مىشود و در سقف گنبد و مدخل در ورودى مشعل‌هاى آئينه‌اى با شكل گوناگون كه در آن چراغ‌هاى مهتابى رنگارنگ كار گذاشته‌اند ، جلوهء خاصى به آن داده و شبها منظرهء جالبى به وجود مىآورد . نوع كاشى و طرز كاشىكارى و خطوط كتيبه‌ها ، و طرز نصب مرمرها ، ساختمان گنبد و هنرمندى كه دربارهء هريك از آنها اعمال شده ، نشانهء كمال مهارت و استادى و نهايت ايمان و علاقمندى استادان فن و بدون مبالغه يكى از بهترين شاهكار فنى و هنرى به شمار مىرود ، مخصوصا كاشىكارى محراب بىنظير آن بيننده را مسحور و غرق در اعجاب مىسازد . به‌طور خلاصه آن همه ذوق و ظرافت و سليقه و دقت و هنرنمائى كه در ساختمان اين بناى مجلل و باشكوه به كار رفته است ، شايستهء هزاران تحسين و آفرين است . درب ورودى كه به طرف صحن بزرگ گشوده مىشود نيز بسيار جالب و از آهن نقره‌گون ، و بالاى چهار لنگه آن را از طلاى ناب ساخته‌اند . صحن موزه سه در به طرف حرم