تخارستان بودند . واخان ، در روزگار تيموريان هرات ، جزو سرزمينهاى آنان شمرده مىشد ؛ در سال 1490 م ، بدخشان - كه واخان هم جزو آن است - به تصرف ظهير الدين محمّد بابر در آمد و ناصر ميرزا - برادر بابر - حكومت آنجا را در دست داشت . در سال 1507 م ، شيبانيان ، بدخشان و سرزمينهاى دو كرانهء رود آمو را به قلمرو خود افزودند . در سدهء شانزده ميلادى سرزمين بدخشان شامل : پامير ، واخان ، شغنان و روشان بود كه در مجموع قلمرو گسترده‌اى را در بر مىگرفت . در همان سده ، بدخشانيان بر ضد ازبكان شيبانى پرچم مخالفت برافراشتند كه مبارك شاه و زبير راغى از جملهء پرچمداران اين قيام بودند . در سدهء هفده ميلادى ، بدخشان و سرزمينهاى جنوب آمو دريا - بلخ ، تخار و ميمنه خراجگزار دولت تيموريان هند به شمار مىرفت . رضا قلى ميرزا در سال 1737 م ، به دستور نادر شاه افشار سرزمينهاى وسيع بلخ تا بدخشان را به دست آورد . در روزگار احمد شاه درّانى ( 1747 - 1773 م . ) بدخشان جزو سرزمينهاى افغانستان شمرده مىشد . در سال 1181 ه . ق / 1768 م ، مردم بدخشان و بلخ بر اثر تحريكات امير بخارا بر ضد دولت درّانى برخاستند كه توسط وزير شاه ولى خان سركوب شدند و پس از وى اين آرامش نسبى تا روزگار تيمور شاه درّانى ( 1773 - 1793 م . ) ادامه يافت . پس از مرگ تيمور شاه ، دورهء انحطاط و درگيريهاى درون طايفه‌اى ميان خيل درّانى آغاز شد و آهسته آهسته خان خانى در سرزمينهاى شمال افغانستان قوت گرفت . روسها نيز از ضعف حكومت مركزى افغانستان و ماوراء النهر بهره برده ، خود را بتدريج به مرز بدخشان رساندند . با اطاعت امير دوست محمّد خان باركزايى ( بار دوم سلطنت : 1843 - 1863 م . ) از دولت بريتانياى كبير ، تسلط و نفوذ انگليسها بر افغانستان برقرار شد . در سال 1850 م ، به موجب قراردادى كه در مورد آسياى مركزى ميان روس و انگليس به امضا رسيد ، آن دو دولت استعمارى ، بلخ و بدخشان را جزو سرزمينهاى امير دوست محمّد خان پذيرفتند . پس از مرگ امير دوست محمّد ( 12 ژون 1863 م ) نخست جهاندار شاه و سپس محمود شاه حكّام بدخشان در سالهاى 1866 تا 1873 م ، به حكمرانى پرداختند و از