كرد و حاكم اندخوى از ترس اينكه مبادا كاملا نابود شود ، خود را تسليم كرد . سياحت درويشى دروغين / 314 و 315 ؛ سراج التواريخ ، ج 1 / 190 . در روزگار امارت امير دوست محمّد خان ( 1863 - 1826 م ) سلطهء اميران منغيت بر اندخوى پايان پذيرفت و اين سرزمين و نواحى مجاور آن جزو افغانستان گرديد ؛ امّا پايان سلطهء آنان با ويرانى اندخوى و غارت مردم بومى همراه شد ، چنانچه كستنكوكاپى تن آتاماژر ( 1295 ه . ق / 1878 م ) از اين ويرانى ياد كرده ، مىنويسد : « قدرى به طرف مغرب از بلخ ، مملكت كوچكى است خان‌نشين و موسوم به اندخوى كه از اطراف ، صحرا آن را احاطه كرده . اين مملكت عبارت از يك شهرى است كه به همين اسم ناميده مىشود . در ميان خرابهء اين شهر ، شهر قديم اندخوى واقع است . فاصلهء اندخوى از رود جيحون 120 ورست كه تقريبا 17 فرسنگ است مىباشد . به موجب روايات 50 سال قبل داراى پنجاه هزار جمعيّت بوده و تجارت با رونق با ايران داشته . طايفهء افغان اين شهر را غارت و ويران كرده‌اند و ديگر به حالت اوليّهء خود نمو نكرده » . شرح آسياى مركزى ، خطّى / 32 و نيز ر ك : سراج التواريخ ، ج 1 / 190 . هر چند تاريخنگاران افغانستانى پايان خان خانى را همزمان با روزگار امير دوست محمّد خان باركزايى مىدانند ، اين امر درست نيست ، زيرا جهانگردان اروپايى از بقاياى وجود خان‌خانى در اوايل سدهء نوزده ياد كرده‌اند . جغرافياى شهرى در افغانستان / 28 و 146 . اندخوى جديد كه بناى آن در سال 1959 در بخش شرقى قديمى گذاشته شد ، امروز داراى 48 كيلومتر مربّع مساحت ، 20 روستا و 58000 نفر جمعيّت است و يكى از بزرگترين مراكز بازرگانى استان فارياب در شمال افغانستان به شمار مىرود . شناسنامهء افغانستان / 74 ؛ جغرافياى شهرى در افغانستان / 144 ، 145 . 134 / 17 - آقچه در كتابهاى تاريخى نام اين شهر با ريختهاى گونه‌گون همانند : آقچه ، آغچه و اخچه آمده است كه نامى نو و بىپيشينه است .