و دوره تدريس ايشان در اين شهر آغاز مىشود . شاگردان زيادى از حوزه درس مشار اليه استفاده مىنمايند و معلوم نيست تا چه مدتى در تهران سكونت داشته‌اند ، و به طورى كه تذكره نويسان و مطّلعين از حال آن حكيم بزرگ ياد آور شده‌اند بعد از تأسيس حوزه علميه قم در زمان مرحوم آية اللّه حائرى يزدى به تدريس علوم معقول اشتغال مىورزند و شاگردان زيادى از جمله آيات عظامى مانند آقاى حاج سيّد محمّد تقى خوانسارى و آقاى حاج سيّد احمد خوانسارى و آقاى حاج مير سيد على يثربى كاشانى و آقاى آقا ميرزا محمّد تقى اشراقى ارباب و آقاى كبير قمى و حاج ميرزا خليل كمره‌اى و آقاى سيّد محمّد على اراكى شاه‌زندى - اعلى اللّه مقامهم الشريف - كه هيچ كدام از اين آيات بزرگ در قيد حيات نيستند - رفع اللّه درجاتهم في دار البقاء - از محضر درسشان مستفيد شده‌اند . سيد على رضا ريحان مؤلف كتاب آئينه دانشوران در شرح حال حكيم يزدى چنين مىنويسد : « ابو محمود آقاى آقا ميرزا على أكبر بن ابو الحسن يزدى يكى از متألّهين عالى قدر است كه در روزگار مرحوم حائرى يزدى در حوزه علميه قم به تدريس علوم معقول مىپرداختند و بسيارى از فضلا و دانشمندان از مجلس درس حضرتش استفاده كرده‌اند . » و نيز در صفحه 27 كتاب آئينه دانشوران تحت عنوان اساتيد تدريس تفسير و معقول مىنويسد : « قبل از اينكه نگارنده به قم وارد شود مجالس متعدده‌اى از اين بخش از علوم معقول صورت مىگرفته ولى اكنون سال 1351 هجرى قمرى است كه قلم نگارنده در اين اوراق در گردش است هيولايى هم از آنها باقى نمانده است . چه اساتيدى كه در اين فن مورد استفاده بوده‌اند يا بدرود جهان گفته‌اند ، چون آقاى آقا ميرزا على