علماء اسلام ميان فلسفه و شريعت جمع كرد بعد از وى خواجه نصير الدين طوسى امّا بعد از آنان فيلسوف متأله كبير و محقق شهير ملا صدرا قدّس سرّه ظهور كرد او در اين امر كار پژوهش را به آخرين پايه رسانيد به‌طورىكه هيچيك از علماى پيش از وى به آن پايه نرسيده بودند او ميان فلسفهء مشاء و اشراق و عرفان و كلام و شريعت جمع بست و تاليفاتى بوجود آورد كه هنوز هم مورد استفادهء طلاب علوم است ، حكماى قبل از وى من‌جمله استادش ميرداماد معتقد به اصالت ماهيت بودند و گمان داشتند كه اگر براى وجود اصالت قائل شوند استغناء ماهيت از جعل و جاعل لازم مىشود و حال آنكه وجود اصل است در احكام چون ما در گفتار خود مىگوئيم انسان موجود است نمىگوئيم وجود انسان است و ملّا صدرا ثابت كرد كه قول ايشان باطل است زيرا ماهيت بدون جعل فوق جعل نيست و آن متّحد با وجود است بلكه اتحادى شديدتر از اتّحاد جنس بفصل . « اتّحاد جوهر عاقل بمعقول » از نظرات ويژه اختصاصى او اتّحاد جوهر عاقل به معقول است كه شيخ ابو على سينا مصرا آن را ردّ كرده بود او اين نظريه را در امور عامه اسفار با برهان ثابت كرده است مرحوم مشكات فرمايد اين مبحث را در محضر استاد خواندم كه در حاشيهء آن نسخه بخطّ مؤلف خواندم به اين عبارت « تاريخ هذه الافاضة كان ضحوة من يوم الجمعة سابع جمادى الاولى العام سبعة و ثلاثين بعد الالف من الهجرة و قد مضى من عمر المؤلف ثمان و خمسون سنة منه » بعد شارح گويد : ازين حاشيه آشكار است كه از حين كشف مسئله اتحاد عاقل بمعقول تا آخر عمر او بيش از 13 سال نمانده زيرا وفات او را در سال 1050 دانسته‌اند امّا اين بنده اضافه مىكند كه بموجب اين تاريخ يعنى تاريخ افاضه كه سال 1037 بوده و عمر وى نيز 58 سال ، تاريخ تولد او كه سال « 979 » است آشكار مىشود و چون بنا به ضبط علم الهدى از روى نوشته والدش فيض تاريخ ارتحال او سال 1045 است پس ملا صدرا حين الفوت 66 سال داشته نه 71 سال - زيرا همه ارباب تذكره سال وفات او را 1050 دانسته‌اند . نظريه ويژه ملا صدرا در حركت جوهرى در ص 240 اسرار الآيات در معنى نفس و بطلان مذهب تناسخ ملّا صدرا در پاسخ و ردّ قول فلاسفه پيش از خود كه منظور وى شيخ ابو على سيناست و گفته‌اند :