سامى پسر شاه اسماعيل صفوى را كه حكومت خراسان داشت از هرات براند و گروهى از ارباب هنر و از جمله مير على هروى را از ديار خود به بخارا كوچانيد . هرات هنر هم با پراكنده شدن جمع هنروران از پى آن هنرانگيزان و شورآفرينان كه در سوكشان هنر را مرثيه مىگفتند وادى خاموشان گشت . از آن پس زندگانى مير على در بركاميهاى زودگذر و نابكاميهاى ديرپاى و پايدار و همه در يادباد آن روزگاران جان پيوند هرات سپرى شده است : عمرى از مشق دوتا بود قدم همچون چنگ * تا كه خطّ من درويش بدين قانون شد طالب من همه شاهان جهانند و مرا * چون گدايان جگر از بهر معيشت خون شد سوخت از غصّه درونم چكنم چون سازم ؟ * كه مرا نيست از اين شهر ره بيرون شد اين بلا بر سرم از حسن خط آمد امروز * وه كه خط سلسلهء پاى من مجنون شد اين غم‌نامه كه از سروده‌هاى مشهور مير على است ، گويا و گواه ناخرسندى و خشم و پريشانحالى خوشنويس شاعر در آن ايّام درماندگى و نابسامانى و پايبست ماندن مرد آزاده در تنگناى محيط بخارا و در ميان مدّعيان هنر است . قديم‌ترين متن اين قطعه كه به خطّ خود مير على در سال 944 ه در بخارا نوشته شده در مرقّع گلشن آمده است . افزون بر همهء آن رنجها و حرمانها ، در اواخر عمر فروغ ديدگان او كاستى گرفته ، گوشهاى گوشور گران گشته ، پيرى و پژمردگى جسم كه سرانجام هر كمال و برنايى است بر او چيره گشت و قامت خدنگى را كه عمرى بر صفحهء مشق خميده گشته بود رنجور و دردفرسود و درهم‌شكسته ساخت و اين رنج تن و كاهش جان به قول سام ميرزا صفوى 43 بر خطّ مير على نيز اثر نهاد . وفات مير على را در ساليان مختلف ميان 924 تا 953 ه نوشته‌اند . طبق تحقيق شادروان دكتر مهدى بيانى 44 كه تاريخ رقمهاى مير على را با روايات و اسناد تطبيق داده و سنجيده ، با آنكه در استخراج مادّه تاريخ « مير على فوت نمود » اشتباهى روى داده است ، تاريخ درگذشت او به سال 951 ه خردپذيرتر و درست‌تر به نظر مىآيد . پيكر شريف مولانا مير على هروى در جوار بقعهء شيخ سيف الدين باخرزى در فتح‌آباد بخارا ، كه در سال 788 ه به دستور امير تيمور گوركانى به طرزى مجلّل مرمّت و بازسازى شده بود ، در كنار گورگاه اميرزادگان تيمورى به خاك سپرده شد ، و آثار مزار وى كه يغماگران كاشيهاى نفيس آن را مىربوده‌اند تا سال 1316 ه كه نايب الصدر شيرازى مؤلّف طرائق الحقائق از آنجا ديدار نموده 45 بر جاى و پايدار بوده است ، تا در ايّامى كه بخارا نشان و نشاط از روى دوست نداشت چه بر آن بگذشته ، و باشد كه آن پنجهء هنرور و انگشت خوشنويس / هر بندى اوفتاده به جايى و مفصلى .