در سال 808 ه ، ميرزا پير محمد والى فارس او را به شيراز دعوت كرد و پس از قتل ميرزا پير محمد به اصفهان رفت و در دربار ميرزا اسكندر برادر پير محمد تقرب جست ، و بعد از آنكه شاهرخ ، اصفهان و فارس را مسخر ساخت ، صاين الدين باز طريق انزوا گزيد تا اين كه بعد از مدتى منظور شاهرخ قرار گرفت و به قضاوت ولايت يزد مقرر گرديد ، ولى دشمنان و حسودان او را در حضرت شاهرخ به صوفيگرى منسوب ساختند ، و از تأليفاتى كه در باب تصوف نوشته بود ، گواه آوردند و او را براى پرسش به هرات خواستند . او به هرات آمد و از خود دفاع كرد و مىگويد : « در اين مملكت مردم به علم هيئت و نجوم كه چه بسا مواردى بر خلاف شرع در آنها موجود است ، مشغولند و كسى اعتراض نمىكند ، ولى من كه در جوانى چيزى در باب تصوف نوشته‌ام امّا در عمل همواره به علم فقه و حديث مشغول بوده‌ام و شغلم از عهد امير تيمور تا به حال قضاوت و رسيدگى به امور شرعى است اعتراض مىكنند و اين اعتراض مبتنى بر اغراض است ، زيرا گذشته از اين كه شيوهء من صوفيگرى نيست خود علم تصوف نيز از علوم اسلامى است و مشايخ بزرگوار همه از مردم سنت و جماعت بوده‌اند . » 11 البته چندين بار ديگر به او تهمت مىزنند و از جمله شركت در قتل شاهرخ ، و مدّتى زندانى مىشود و اموالش مصادره و خودش را حبس و تبعيد مىكنند . دربارهء آثار وى ؛ تا كنون دربارهء آثار صاين الدين تركه جز گزارشهاى مختصر ، نوشته‌اى جامع و دقيق انتشار نيافته است ، و از آثار وى نيز ظاهرا كتاب