مقدمه كشف الاسرار شامل سه قسمت است . قسمت اوّل خطبه‌اى فاخر به زبان عربى در تنزيه و تقديس خداوند و تحيت و سلام بر خاتم الانبياء ( ص ) ، خاتم الاوصياء ( ع ) و عترت طاهره عليهم السلام كه آكنده از تلميحات قرآنى و روايى مقتبس از ادعيهء مأثوره است ، و با خطبهء بدايع الحكم قابل مقايسه مىباشد . قسمت دوّم اين مقدّمه كه بيش از نيمى از آن را نيز شامل مىشود ، تعريف و تمجيد ناصر الدين شاه قاجار است كه ظاهرا كتاب به درخواست او آغاز شده است . اين بخش از مقدمه نيز شبيه همين قسمت از مقدّمهء بدايع الحكم است . هر دو مقدمه حاكى از حسن نيّت اين حكيم پاك نهاد به سلطان وقت و به سبك ادبيات عصر قاجارى متكلّفانه و حاوى مدحهاى مبالغه‌آميز و تعريفهاى دوراز واقع است ، كه اى كاش شارح فاضل با اقتدا به ماتن عارف قلم را از لغزيدن در اين وادى ناصواب حفظ مىكرد . به‌هرحال اين قسمت از مقدمه سندى تاريخى از فرهنگ عصر ناصرى است ، و از انتهاى همين قسمت بر مىآيد كه ناصر الدين شاه مجالس علمى ترتيب مىداده و به حال علما التفات داشته است . اما مهمترين قسمت اين مقدمه ، قسمت سوم و در حقيقت قسمت اخير آن است ، كه حاوى نكات ارزنده‌اى است اوّلا : حاكى از گرايش عرفانى و روح لطيف نويسنده است كه در قالب گفت و گويى شنيدنى با هاتف غيبى به رشتهء تحرير درآمده است . اين قسمت چه به لحاظ ادبى و چه به لحاظ محتوا بسيار درخشان است و در زمرهء شيواترين قطعات بجامانده از حكيم مؤسس است : « هاتف غيبى به نغمهء داودى و طائر قدسى به نواى عندليبى به گوش هوشم خوانندگى آغاز نمود كه هان اى خردمند تا كى در زاويهء خمول نشسته ، جواهر معارف و لئالى حقائق را در گنجينهء خاطر مستور داشته . . . به جلوهء عيان آور آنچه را كه مدتها در مخزن ضمير مستور ساخته‌اى و به محضر شهودآور آنچه را كه سالها در مكمن خاطر مخفى داشته‌اى تا در نظر اهل بصيرت جلوه‌گرى نمايد و دلهاى صاحبان معرفت و حكمت را منور و روشن گرداند . » ثانيا : آقا على دراين نوشتهء كوتاه از دو ناحيه بسيار آزرده است تا آنجا كه « مكنون خاطر خود را نيز فراموش كرده » يكى « به جهت كثرت هجوم امراض و اسقام و شدت درد و اوجاع و آلام » كه ميرزا حسن خان اعتماد السلطنه در كتاب روزنامهء خاطرات به اين درد