سرّالقدر . دو اثر مقدمه شرح اسرار الآيات و مقدمه مفاتيح الغيب نيز به همين قسم ملحق مىشود . تقريرات المبدء و المعاد نيز به شيوهء تعليقه تقرير شده است . آثار مستقل وى يا كتاب است يا رساله . تنها كتاب وى بدايع الحكم است . اما رسائل وى نيز خود به چند بخش قابل تقسيمند : قسم اول از رسائل . رسائلى كه يكى از تعليقه‌هاى مفصل اسفارند و از جانب آقا على يا شاگردانش مقدمه‌اى نيز به آنها ملحق نشده است . اين قسم از رسائل عبارتند از : 1 - رسالة فى العلة و المعلول 2 - رسالة فى طريقة الصديقين 3 - رسالة فى بيان ان النفس كل القوى . ما اين سه رساله را در ضمن تعليقات اسفار در جاى خود آورده‌ايم و از انتقال آنها به بخش رسائل خوددارى كرده‌ايم . قسم دوم : رسائلى كه سابقا يكى از تعليقه‌هاى بلند اسفار برده‌اند ، اما با اضافاتى توسط خود حكيم مؤسس در زمان حيات وى با الحاق مقدماتى به صورت رسائل مستقلى منتشر شده‌اند دو رسالهء ذيل از اين قسم محسوب مىشوند : 1 - رسالة سبيل الرشاد فى اثبات المعاد 2 - رسالة فى التوحيد . قسم سوم : رسائل غير اسفارى ، يا رسائل مستقل : 1 - رسالة فى مباحث الحمل 2 - رسالة فى الوجود الرابط 3 - رسالة فى احكام الوجود و الماهية 4 - رسالهء حقيقة محمديه 5 - رسالهء وحدت وجود صوفيه 6 - رسالهء فوائد 7 - رسالهء سرگذشت 8 - رسالهء تاريخ حكماء . 5 - 7 . تقسيم آثار به لحاظ موضوع آقا على در چهار زمينه قلم زده است : 1 - حكمت و منطق 2 - تاريخ فلسفه 3 - اصول فقه 4 - شعر . اكثر آثار آقا على در زمينهء فلسفه است . آثار غير فلسفى او عبارتند از : يك اثر در منقول : التعليقات الاصولية . دو رساله در تاريخ فلسفه : 1 - رسالهء سرگذشت 2 - رسالهء تاريخ حكما ، و ديوان اشعار كه به جز چند بيت آن بجا نمانده است . دسته‌بندى آثار فلسفى حكيم مؤسس اول : دورهء نسبتا كامل فلسفه : تعليقات الاسفار . دوم : امور عامه : تعليقات الشوارق ، تعليقات حواشى الهياب الشفا ، تعليقات شرح الهداية الاثيرية ، تعليقات الشواهد ، تعليقة على حواشى الجلالية على حواشى الخفرية