نسخه و پيگيرى رد آن از تهران به قم و بالاخره خوانسار و مراجعه به كتابخانهء مدرسه علميهء ولى عصر ( عج ) خوانسار مشخص شد كه بخشى از نسخ خطى مجموعهء ياد شده در جريان انتقال از تهران به خوانسار مفقود شده است . متأسفانه رسالهء مورد بحث از جمله رسائل مفقوده است . 5 - نسخهء خطى شمارهء 1834 كتابخانهء مجلس شوراى اسلامى ، شرح اثبات الواجب ، شرح محمد حنفى بر اثبات الواجب قديم دوانى . در فهرست نسخ خطى مجلس آمده است « بر كنار صفحهء 2 نسخه حاشيه‌اى است كه گويا از آقا على مدرس زنوزى است . » « 1 » در مراجعه به نسخهء فوق و مقايسهء آن با ديگر حواشى و مخطوطات آقا على ، انتساب حاشيهء مذكور به حكيم مؤسس احراز نشد . در طول تفحص از آثار آقا على به موارد متعدد ديگرى برخورد شد كه انتساب آنها به حكيم مؤسس ضعيف‌تر از موارد پيش گفته و سست‌تر از آن است كه به ذكرشان بيارزد . 7 . دسته‌بندى آثار حكيم مؤسس آثار بجامانده از آقا على به لحاظهاى مختلف قابل تقسيم است . ملاك تقسيمات آتى عبارتند از : تمام و ناقص بودن اثر ، زبان اثر ، طول اثر ، نوع اثر ، موضوع ، زمان نگارش ، از حيث شهرت و معروفيت و بالاخره از حيث عنايت ديگر حكما به آنها . 1 - 7 . تقسيم آثار به لحاظ كامل و ناقص بودن بخشى از آثار بجامانده از حكيم مؤسس ناقص هستند . اين آثار ناقص عبارتند از : 1 - مقدمه شرح اسرار الآيات كه بواسطهء رحلت آقا على ناتمام مانده است 2 - تعليقات الشواهد الربوبية 3 - رسالة فى احكام الوجود و الماهية ( ناقص الاول و الآخر ) . دربارهء اكثر آثار آقا على كه در قالب تعليقه بر كتب ملا صدرا و ديگر حكما نگارش يافته است ، نمىتوان دربارهء كامل يا ناقص بودن آنها اظهار نظر قطعى كرد ، نسخ بجاىمانده از ديگر كتب و رسائل حكيم مؤسس كامل است .

--> ( 1 ) . عبد الحسين حائرى ، فهرست نسخ خطى كتابخانهء مجلس ، جلد پنجم ، ص 306 .