4 . ديگر مخطوطات آثار آقا على مدرس از بخشى از آثار حكيم مؤسس نسخهء اصل بدست نيامده است ، بلكه نسخى به خط شاگردان و علاقه‌مندان ايشان بجا مانده است . از برخى از اين آثار نسخ متعددى در دست است . به‌هرحال آثارى كه نسخ اصل آنها بجا نمانده و به خط ديگران نسخه‌اى از آنها در دست است عبارتند از : 1 - تعدادى از تعليقات اسفار از جملهء تعليقهء مفصل طريقة الصديقين 2 - تعليقات شوارق الالهام 3 - تعليقات الشواهد الربوبيه 4 - رسالة فى احكام الوجود و الماهية 5 - رسالهء حقيقة محمديه 6 - رساله سبيل الرشاد فى اثبات المعاد 7 - رسالة فى مباحث الحمل 8 - رسالة فى التوحيد 9 - رسالة فى الوجود الرابط 10 - رسالهء خود نوشت سرگذشت 11 - رسالهء وحدت وجود صوفيه 12 - رسالهء فوائد 13 - تقريظ مفاتيح الغيب ملا صدرا . 14 - تفريظ رسالهء صدر الافاضل دانش تبريزى ضمنا تقريرات المبدأ و المعاد حكيم مؤسس و مناظره آقا على با حاج محمد كريمخان كرمانى توسط شاگردان و علاقه‌مندان مدرس طهرانى مكتوب شده و نسخهء خطى آنها در دست است .

--> - نسخهء اصل مقدمه شرح اسرار الآيات نزد آقاى سهلعلى مددى است و نسخهء رسالهء تاريخ حكماء در كتابخانه دانشگاه استراسبورگ در پرونده گوبينو مىباشد . از اين سيزده اثر ، از دو اثر اول نسخ ديگرى نيز در دست است ، اما نسخهء يازده اثر اخير منحصر به فرد است .