آياتى كه از آنها كيفيت ارتباط روح با ماده ( جسم ) به دست مى آيد و همچنين مباحثى درباره تهذيب اخلاق و تهذيب نفس ، فضائل و رذائل اخلاقى و مسائل و مباحثى اين چنينى كه در ذيل آيه 153 - 157 از سوره مباركه البقره به بيان آنها مى پردازد . ( همان ) و يا در ذيل آيه 222 سوره مباركه البقره آنجا كه بحث از طهارت مىكند پس از بيان وجوه طهارت ، بزرگترين وجوه طهارت را در نزد خداوند اين گونه بيان مىكند : ( . . . روشن مى گردد كه اصل توحيد ، طهارت هم هست ، طهارت كبرى نزد خداى سبحان است ، و بعد از اين طهارت كبرى و اصلى ، بقيه معارف نيز طهارت هايى هستند ، كه . . . . . ) يا در ذيل آيه 105 ، سورهء المائده ، هدايت و ضلالت را معانى مىداند كه در سلوك طريق محقق مىشود و در غير آن بى معنا است . توضيح آنكه همه راهها به خدا منتهى مىشود ، چه سعادتمندش و چه گمراهش به سوى خدا مى رود . و خاطر نشان مى سازد كه مراقبت از نفس طريق انسان به سوى خدا است و طريق هدايت است و پس از آن به تهذيب نفس مىپردازد . ( عزيزالله ، 1384 ، ص 132 ) يا در آيه 53 ، از سوره مباركه فصلت كه معرفت و سير انفس را افضل از سير آفاقى مىداند . علامه طباطبايى از عرفان ومعرفت ، به عنوان ادراك پس از علم ياد مىكند و در تفسير خود از آن استفاده كرده است ( تاجدينى ، ص 389 ) اينها همه شاهد مثال هايى هستند كه تاثيرپذيرى علامه طباطبايى را از علامه قاضى در مسائل اخلاقى و عرفانى و تفسيرى در تفسير الميزان مسجل مى سازد . البته اين تاثيرات توقف در علامه طباطبايى و تفسير ايشان نخواهد داشت بلكه آن دم مسيحايى عالم ربانى ، علامه قاضى در فضاى علمى كتابها و آثار شاگردان ايشان چه تفسير الميزان از علامه طباطبايى و چه آثار ديگر از شاگردان ديگر همچنان سارى و جارى و باقى خواهد بود . نتيجه گيرى سيد محمد حسين طباطبايى تبريزى ، معروف به علامه طباطبايى از برجسته ترين و نام آور ترين شاگردان سيد على آقا قاضى است . آشنايى و شناخت سيد على آقا قاضى با علامه طباطبايى به پس از ورود علامه طباطبايى به نجف اشرف براى تحصيل علم برمى گردد و از همان اولين همنشينى كه ميان آنها رخ مىدهد ، علامه طباطبايى متاثر از استاد خاص خود علامه قاضى مى گردد .