سخنانى بدين مضمون برايم گفت : « كسى كه به قصد تحصيل به نجف مى آيد خوب است علاوه بر تحصيل ، به فكر تهذيب و تكميل نفس خويش نيز باشد و از نفس خود غافل نماند . » اين را فرمود و حركت كرد . من در آن مجلس شيفته اخلاق و رفتار اسلامى او شدم . سخنان كوتاه و با نفوذ آن عالم ربانى چنان در دل من اثر كرد كه برنامه آينده ام را شناختم . تا مدتى كه در نجف بودم محضر آن عالم با تقوى را رها نكردم ، در درس اخلاقش شركت مى كردم و از محضرش استفاده مى نمودم . آن دانشمند بزرگ كسى نبود جز آيت الله سيد على قاضى » ( رمضانى ، 1387 ، ص 34 ) . علامه طباطبايى در طول يازده سالى كه در نجف اشرف بودند ، بهره هاى فراوانى از محضر استاد خاص خود حضرت علامه قاضى كسب كردند . چنان كه يكى از ابعاد خاص علامه طباطبايى بعد اخلاقى و عرفانى ايشان است . اوهم در اخلاق نظرى و هم در اخلاق عملى و نيز در عرفان نظرى و عملى به مقامات بسيار بالايى رسيده بودند . از گفته ها و نوشته ها برمى آيد كه ايشان در سلوك اخلاقى و عرفانى مراحل و منازل بسيار بالايى را طى كرده اند . در عرفان نظرى كتابهاى تمهيد القواعد ابن تركه و فتوحات محى الدين و شرح فصوص را به دقت خوانده وتحليل نموده اند و در حوزه اخلاق نظرى و فلسفه اخلاق آثار او حكايت از صاحب نظر بودن ايشان در اين حوزه دارد . در سير و سلوك عرفانى و اخلاقى نزد استاد بزرگ حاج ميرزا على آقا قاضى رشد و تربيت يافتند . همان گونه كه علامه خود اذعان دارد از ابتداى ورود به نجف تا انتهاى حضور در آن حوزه عنايت و توجه اين استاد بزرگ را همراه داشته است . ( همو ، ص 43 ) علامه سيد محمد حسين طباطبايى درباره استاد خويش ، دلباختگى و ارادت خود را اين گونه ابراز مى دارد : « جمعى كثير از بزرگان و وارستگان ، به يمن تربيت و تكميل آن بزرگوار ، قدم در دايره كمال گذاشته ، پاى به بساط طبيعت زده و از سكان دار خلد و محرمان حريم قريب شدند ، كه از آن جمله است سيد اجل ، آيت حق و نادره دهر ، عالم عابد فقيه محدث ، شاعر مفلق ، سيد العلماء الربانيين مرحوم حاج ميرزا على قاضى طباطبايى تبريزى . . . . . كه استادِ اين ناچيز مى باشد . . . . . . » ( حسن زاده آملى ، 1375 ، ص 320 ) درباره نحوه ارتباط و روابط ميان علامه قاضى و علامه طباطبايى به عنوان استاد و شاگرد همين بس كه ، علامه طباطبايى نام « استاد » را فقط بر علامه قاضى اطلاق مى نمودند . در اين باره نوشته اند : « علامه طباطبايى نام " استاد " را فقط بر او اطلاق مى كرد و هروقت « استاد » را بطور مطلق به كار مى بردند مراد مرحوم قاضى بود ؛ گويا در مقابل مرحوم