در تمامى گفتار و كردار ، عمل به دستورات الهى مزين كرده بود . در كلاس تدريس ايشان خصوصاً در درس اخلاق شخصيت هاى زبده اى از حوزه علميه نجف كه گرايش شديدى به مسائل عرفانى داشتند حضور پيدا مى كردند . محور اساسى بحث هاى شورانگيز آقا قاضى عبارت بود از معرفت نفس ، خودسازى و خودشناسى ، تهذيب نفس و عرفان بود اگر ناشناسى وارد كلاس درس مىشد رشته كلام را عوض و زيارت نامه حضرت سيدالشهداء را مىخواندند . و ايشان معتقد بودند استعداد ذاتى و تفكر انسان‌ها متفاوت است هر سخنى را با هر شخصى نمىتوان در ميان گذاشت به قول معروف « هر سخن جايى و هر نقطه مكانى دارد » . آقا قاضى « قدس سره » خود سمبلى از پايدارى و استقامت در سير و سلوك عرفان بودند به همين جهت متعلمين خويش را به اين راه دعوت مىكردند يكى از حضور يافتگان در كلاس درس ايشان آقاى « آيت إله مرندى » است كه بيان مى دارد در تلاش و استقامت مورچه‌ها را مثال مىآورد كه با چه مشقت‌ها و مشكلاتى براى خودشان آذوقه زمستانى جمع‌آورى مىكنند آن هم درموقع بردن دانه‌ها ، چندين مرتبه از بلندى مىافتند دوباره اميدشان را از دست نداده بالاخره اين دانه‌هاى را به سر منزل خود مىرسانند . آيت الله سيدعلى قاضى در « مسجد سهله » به عبادت و راز و نياز مشغول مىشدند و در اين مسجد بزرگ و مهم براى پيشرفت برنامه‌هاى عبادى و عرفانى خويش ، حجره‌اى داشتند و در برخى از مراسمات و عيدهاى مذهبى تا صبح در اين حجره مشغول عبادت و راز و نيازبا خداى خود بودند و به متعلمين خود سفارش مىكردند از اين مسجد مقدس مستفيض شويد و بعضى از شب‌ها را در اين مكان با ارزش به عبادت مشغول شويد . به شاگردان خود توصيه داشت اگر هنگام برپايى نماز و يا قرائت قرآن كريم با امدادهاى غيبى روبرو شديد بدون آنكه خود را به آن مشغول كنيد به عبادات خود ادامه دهيد . علامه سيدمحمدحسين طباطبائى هنگام عبادت ، امداد هاى غيبى را عيناً مشاهده مىكند اما بنابه سفارشات استاد به آن توجهى نكرده و به عبادت خود مشغول مىگردد . استاد قاضى انسان‌ها رابراى رسيدن به بلنداى معرفت وكشف حقايق دعوت مىكردند . از ويژگىهاى مكتب عرفانى و علمى قاضى رعايت همه جانبه ( اعتدال ) و پيمودن راه استقامت و شكيبايى بود . و آيت الله قاضى شاگردانش را به صبر و پايدارى دعوت مىكردند چراكه مهمترين عامل رسيدن به رستگارى و نزول بركات خداوندى صبر و پايدارى در طريقه پيمودن سلوك‌الله است .